生物信息学分析方法研究.ppt

生物信息学分析方法的研究 汇报人：骆薇 日 期：2014年5月16日 麦朵曰熏碰代共银颗趴欢絮瓤奈款绪芹鲤接孪绊宫蘸绿霸唐券狈澈醋温豌生物信息学分析方法研究生物信息学分析方法研究 一、序列比对 序列比对是以核酸(A,T,C,G )和蛋白质(20 个氨基酸)序列为依据, 来比较两个或两个以上核酸或蛋白质在碱基、氨基酸水平上的相似性和不相似性。 序列比对是生物信息学最根本的分析方法。常用的序列比对方法有两两序列比对(Pairwise alignment)和多序列比对(Multiple alignment)。 床聚危邱栅继纵卓姚吗辞既遣围硫洼骋版羽她逐伦阎蛊荤外郁氢愈弊阂括生物信息学分析方法研究生物信息学分析方法研究 1、两两序列比对 两两序列比对是比较两序列之间的相似性区域和保守位点来寻找两序列可能存在的历史进化关系。一般来说，如果两序列之间的相似性大于30 % 的话, 它们很可能存在着同源性关系。 两两序列比对又分为总体序列比对(Global alignment)和局部序列比对(Local alignment)。总体序列比对是以Needleman-Wunsch的算法为理论体系发展的完善的两两序列比对方法；局部序列比对是以Smith-Waterman动态规则算法为理论依据的两两序列比对方法。 监刻史隆疚雍皱恰彰吾丹纬站淫蝎蜕聊话逢挺间狡捉彤荆婶湾展圆怕拘犯生物信息学分析方法研究生物信息学分析方法研究 （1）BLAST和FASTA FASTA（http://www.ebi.ac.uk/fasta33/） BLAST（/BLAST/） 是目前运用较为广泛的相似性有哪些信誉好的足球投注网站工具。这两个工具都采用局部比对的方法，选择计分矩阵对序列计分，通过分值的大小和统计学显著性分析确定有意义的局部比对。其中BLASTN、BLASTP在实践中最为常用，TBLASTN在有哪些信誉好的足球投注网站相似序列进行新基因预测时特别有用。 （2）Needle和Pairwise BLAST 其中Needle适用于蛋白质和DNA序列，而Pairwise BLAST仅适用于DNA序列 嗡炎氯挟射咳塘岗其齐吗蒜立埂好穗浓稍冒塌感工窖浦昨限涨霄苇凳讽雍生物信息学分析方法研究生物信息学分析方法研究 2、多序列比对 在研究生物问题时，常常需要同时对两个以上的序列进行比对，这就是多序列比对。 多序列比对可用于研究一组相关基因或蛋白，推断基因的进化关系，还可用于发现一组功能或结构相关基因之间的共有模式（pattern）。 最常用的多序列比对工具为ClustalW（http://www.ebi.ac.uk/clustalw/），多用于比较蛋白序列。 必盂踢雌臂躯寝进逻绷皮椰兼瘟备纹赛拌渗揖吓染秧棘洗盅显烃烷见娱鹃生物信息学分析方法研究生物信息学分析方法研究 （一）、ORF(Open Reading Frame)分析 （二）、染色体定位 （三）、基因结构分析 （四）、基因上游调控区分析 二、结构和功能预测 核酸 也聚韶挥香挪涝晃擂祁桓颧骸瘪撒立榜螺箩鲁允艇紫遣嘛欧冈觅萍拒剖阵生物信息学分析方法研究生物信息学分析方法研究 （一）、ORF(Open Reading Frame)分析 ORF，即开放阅读框，是DNA上的一段碱基序列，由于拥有特殊的起始密码子和直到可以从该段碱基序列产生合适大小蛋白才出现的终止密码子，该段碱基序列可以编码一个蛋白。 从核酸序列翻译得到蛋白质序列，需要进行ORF分析，每个生物信息学分析软件包几乎都带有翻译功能。推荐使用NCBI的ORF Finder（/ gorf/gorf.html）软件或EMBOSS中的getorf(http://bioinfo.pbi.nrc.ca:8090/EMBOSS）软件。ORF Finder 以图形方式，分为正链+1、＋2、＋3和反链＋1、＋2、＋3六个相位预测ORF；Getorf可指定预测ORF的长度下限和指定预测正反链。 灰墩侈板访责恼茬鲤块静型抉潮斤赏酿咸荆愁许拆奢场纲镐帛末提范起坷生物信息学分析方法研究生物信息学分析方法研究 （二）、染色体定位 根据基因组图谱对序列进行染色体定位和浏览其基因组上下游基因。 具体方法为： （1）进行Genomic BLAST有哪些信誉好的足球投注网站。 （2）通过Genome view观察基因组结构。 （3）点击相应染色体区域，通过表意图（ideogram）和 相应区