c1 定序中心 - national yang-ming university vym genome .doc

C1 定序中心 Sequencing Center 實驗室主持人：蔡世峰 協同主持人：劉孜孜 壹、背景資料 一、設置緣由 基因體定序為人類基因體計畫（The Human Genome Project, HGP）之重大目標。基因體序列之完整解碼，有助於基因認定（gene identification）、基因調控（gene regulation）、人類變異（human variation）、染色體結構分析、與疾病遺傳因素之探討。過去數年來，基因體定序（genome sequencing）已成為開發生物學研究新領域之利器。The Institute for Genomic Research（TIGR）首先以 total genome shotgun 方式完成流感嗜血桿菌 (H. influenza Rd) 之全基因體定序（Fleischmann et al., 1995），此例使基因體定序蔚為風潮，目前已有數十種以上的微生物基因體序列存在於資料庫。隨著新世紀的來臨，人類基因體定序工作亦進入一嶄新階段。1998年10月發表之美國人類基因體計畫新的五年目標（New 5-Year Goals）宣示將於2003年完成人類基因體全部定序工作（Collins et al., 1998）。此外 HGP 已於 2001 年底前完成人類基因體之初稿序列(draft sequences) (International Human Genome Sequencing Consortium, 2001)。截至2002年底為止，已完成或預期完成基因體定序之生物整理如下表： 生物名稱 物種學名 基因體規模 定序完成 流感嗜血桿菌 Haemophilus influenzae Rd 1.8 Mb 1995 酵母菌 Saccharomyces cerevisiae 12.1 Mb 1996 大腸桿菌 Escherichia coli K-12 4.6 Mb 1997 線蟲 Caenorthabditis elegans 97.0 Mb 1998 果蠅 Drosophila melanogaster 180.0 Mb 1999 人 Homo sapiens 3000 Mb 2003 過去數年來，本中心接受政府經費補助，逐步建立大規模定序能力，已成為國內目前可提供快速且大規模定序之最大的公立實驗室。除了參與國際合作之人類基因體定序計畫 (Human Chromosome 4q22-24)、黑猩猩 (Pan troglodytes) 基因體定序計畫、水稻 (Oryza sativa) 基因體定序計畫之外，也完成了多個微生物全基因體定序計畫： 生物名稱 物種學名 基因體規模 定序完成 創傷弧菌 Vibrio vulnificus 5 Mb Finished; 2001 十字科植物病原菌 Xanthomonas campestris 5 Mb 10X Draft; 2002 黴漿菌 Mycoplasma fermentans 1 Mb 10X Draft; 2002 靈芝 Ganoderma lucidum 40 Mb 8X Draft; 2004 參考資料： R. D. Fleischmann et al., Science 269, 496 (1995). F. S. Collins et al., Science 282, 682 (1998). International Human Genome Sequencing Consortium, Nature 409, 860 (2001). 二、核心技術簡介 本中心規劃之特色為：集中發展（由專任助理操作），採用必威体育精装版科技（包含開發及引進新技術），人材培訓及技術推廣（舉辦相關工作研習會）。 著眼於目前需求及未來發展趨勢，並配合本中心其他核心設施及核心實驗室，我們將在既有基礎上提供高輸出大規模定序 (high-throughput large scale sequencing) 之服務。 Genome sequencing EST sequencing 三、服務相關之研究發展 Sequencing-based HLA typing 貳、設施規劃與說明 一、儀器：本中心目前擁有定序儀10台(ABI 3700 ×5，ABI 3730xL ×2， ABI 3730 ×1，MegaBACE 1000 ×2)。 二、空間：定序中心新址位於原礦物局職訓中心一樓，經重新整修，已於2002 年11月完成進駐。新址位於校門口內西側，郵局後方。 三、人員：目前共計有15位技術員。 參、常規服務 一、Genome Sequencing 申請人應提供之材料 BAC, PAC, Cosmid Clones 及相關資訊