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3 与解链有关的酶和蛋白质 DNA是双螺旋,在复制中双螺旋要解开,双螺旋的解开使得复制叉前面产生正超螺旋,如果这些应力不以某种方式释放将妨碍复制叉前进。 现在已找到一些酶和蛋白质,它们或者能使DNA双链变得易于解开,或者可以使超螺旋分子松弛,以下介绍一些这类蛋白质。 (1) 单链结合蛋白 (SSB蛋白) SSB蛋白:是缺乏酶活性的复制辅助蛋白,可以在远低于Tm的温度下使双链DNA拆开,并牢牢地结合在单链DNA上,稳定单链区域的蛋白质。( SSB保护复制中的DNA单链部分不被核酸酶降解) 首先在大肠杆菌中发现,后来发现许多种生物中都有这类蛋白质。在文献中,这类蛋白曾用过多种名称:解旋蛋白(unwindingproteill),熔化蛋白(mel2ingprptein),螺旋降稳蛋白(helixdestabizingprotein)。 (2) 解链酶(DNA解旋酶;DNA helicases) 解链酶(解螺旋酶):是一类能通过水解ATP获得能量来解开双链DNA的酶称为DNA解链酶。 ▼解链酶依赖于单链DNA 的存在 ▼分解ATP获得能量 ▼具引发酶的功能(合成小片段的RNA作为后随链的引物) 如果双链DNA中有单链末端或缺口,则DNA解链酶可以首先结合在这一部分,然后逐步向双链方向移动,复制时大部分DNA解链酶可以沿着后随链模板的5′→3′方向随着复制叉的前进而移动,只有rep蛋白(一种大肠杆菌解链酶)是沿前导链模板的3′→5′方向移动。因此在复制时rep蛋白和某DNA解链酶分别在DNA的两条母链上协同作用以解开双链DNA(图7-16) (3) 拓扑异构酶(Topoisomerase): 是催化DNA拓扑异构体(Topoisomer)相互转换的一类酶。 拓扑异构酶能与DNA形成共价结合的蛋白质-DNA中间体,从而在其骨架的磷酸二酯键处造成暂时性裂口,使DNA的多核苷酸链得以穿越,从而改变DNA分子的拓扑状态。 根据酶作用的机理及其介导一条链还是二条链的断裂,拓扑异构酶可分为Ⅰ型和Ⅱ型。 Ⅰ型拓扑异构酶的共同特点是: ①仅切断双链DNA中的一条链,即催化瞬时的单链断裂和连接。 ②不需要能量辅助因子,如ATP和NAD等,因此不能催化需能的超螺旋化结构。Ⅰ型拓扑异构酶一般都使高度超螺旋的DNA松弛。 Ⅱ型拓扑异构酶的共同特点是: ①同时切断、缝合DNA的两条链。 ②需要能量辅助因子,可以作用于任何相交的两对双链DNA。 大肠杆菌拓扑异构酶I(属于Ⅰ型酶) 概述:拓扑异构酶 Ⅰ (E. coli)催化负超螺旋DNA的松弛。 ①拓扑异构酶Ⅰ也参与DNA的打结和解结。 ②将两个互补的单链DNA环耦合为双链DNA环。 ③完整的全酶是一分子量97 kDa的蛋白。 大肠杆菌拓扑异构酶 I 的特点是: ①仅切断双链DNA中的单链并催化瞬时的单链断裂和连接。 由于反应的产物还是闭环DNA,因此,酶反应机制是先切开双链DNA中的一条链,使切开链的末端沿螺旋的方向转动,然后把切口封起来,达到松旋的目的。 ②不需要能量辅助因子。如:ATP NAD (烟酰胺腺嘌呤二核苷酸) ,最初从大肠杆菌中分离到一种叫ω蛋白,后来定名为大肠杆菌拓扑异构酶 I 。 Structure of the Topo I /contact with DNA 后来发现这种酶广泛存在于各种生物中,不同学者曾给予各种命名:转轴酶(swivelase),松旋酶(untwisting enzyme),DNA松弛酶(DNA relaxing enzyme),切割封口酶(nicking—closing enzyme)。 Topo I 酶松弛超螺旋DNA时不需要ATP,它可以催化三种拓扑转换反应(图7-17)。 拓扑异构酶 I (E. coli)催化负超螺旋DNA的松弛。 拓扑异构酶 I也参与DNA的打结和解结。 将两个互补的单链DNA环耦合为双链DNA环。 Topo I Reactions ①仅切断双链DNA的
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