建设微生物组大数据中心.PDFVIP

中国微生物组计划 China Microbiome Initiatives 建设微生物组大数据中心 发挥长期科学影响* 1** 2 3 4 5 6 1 1** 张国庆 宁 康 职晓阳 刘 婉 徐 萍 周豪魁 胡黔楠 赵国屏 1 中国科学院上海生命科学研究院生物医学大数据中心 上海 200031 2 华中科技大学生命科学与技术学院 武汉 430074 3 云南大学生命科学学院微生物研究所 昆明 650091 4 上海生物信息技术研究中心 上海 201203 5 中国科学院上海生命科学研究院生命科学信息中心 上海 200031 6 中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学工程研究中心 深圳 518055 摘要 宏基因组研究的思想与技术推动了微生物组的兴起，积累了丰富的微生物基因组以 及健康、动植物和环境相关的微生物宏基因组数据，形成了具备一定规模和影响力的数据 库、标准化方法与分析工具。大多数平台聚焦于为项目或特定类型的微生物菌群提供数据 支撑，难以满足更深入全面的微生物生物学研究需求。文章建议采用综合聚焦微生物分类 单元总和的微生物系统组与聚焦特定生态位微生物种群总和的微生物组的思路，建设综合 性的微生物组数据仓库，整合微生物分类、进化、生态以及相关“组学”数据与信息。在 此基础上，进一步综合生命科学基础研究和系统合成生物学研究的数据，支撑经高水平质 控的综合性参考数据库、标准化的拼接与注释以及一流的数据汇交、有哪些信誉好的足球投注网站分享、深度学习 和分析挖掘方法的研究开发。由此，亦将进一步集成大型微生物组项目的元数据及数据， 形成数据综合完整、管理安全高效，服务功能完备的微生物组大数据中心。 关键词 微生物组，微生物系统组，分类，生态，合成生物学 * 资助项目：国家高技 DOI 10.16418/j.issn.1000-3045.2017.03.009 术发展“8 6 3 ”项目计划 （2014AA021502、2015AA02 0108 ），国家重点研发计 自从 2005 年 10 月成立国际宏基因组联盟以来，多个国家启动了人类微生物组相关的研 划（2016Y FC0901904 、 2016YFC09016 04 ） 究计划。包括美国的人类微生物组计划 HMP[1] 以及后续项目 iHMP[2] ，欧盟的 MetaHIT[3] 以及 ** 通讯作者 [4] 后续项目 MetaGenoPolis ，标准项目 IHMS ，韩国也启动了微生物组多样性项目。此外，国 修改稿收到日期：2017年3 月1 日 际上开展了大量以人类健康疾病及环境检测、修复为主要目的科研相关的微生物组项目。 . . 280 2017年 第32卷 第 3 期 建设微生物组大数据中心 发挥长期科学影响 这些项目的实施，推动了专业数据库和参考数据库、标 当前国际上的微生物组数据平台主要围绕参考数据 准化与质量控制、数据分析挖掘工具等平台性支撑工作