rDNA与着丝粒顺序RCS2拷贝数的.pdfVIP

简 报 第46 卷 第 19 期 2001 年 10 月 水稻5S rDNA 和着丝粒顺序RCS2 拷贝数的 Fiber-FISH 测定 * 李宗芸 黄思罗 金危危 宁顺斌 宋运淳 李立家 (武汉大学植物发育生物学教育部重点实验室, 武汉 430072. * 联系人, E-mail: ycsong@) 摘要 用伸展 DNA 纤维的荧光原位杂交(Fiber-FISH)技术测定了 5S rDNA 和着丝粒 DNA 顺序RCS2 在水稻广陆矮四号(Oryza sativa ssp indica cv Guangluai No4) 基因组中的拷贝数. 为了确定拷贝数, 需要 知道显微镜下一定长度 DNA 纤维所含碱基对数. 为此, 测量了两个已知碱基对数 DNA 序列的伸展纤 维在显微镜下的长度. 其中供试 BAC38D17 的插入序列为 136 kb, 其伸展纤维在显微镜下的长度为 56.4 µm, 平均为2.41 kb/µm; BAC44B4 全长为 144.5 kb, 其伸展纤维的长度为55.7 µm, 平均为2.60 kb/µm. 这与Watson-Crick 模型中B-DNA 的2.97 kb/µm 十分接近. 根据两个样本每微米平均碱基数, 即 2.51 kb/µm 的标准, 计算出5S rDNA 的拷贝数约为686, 着丝粒DNA 顺序RCS2 约为286 1121 拷贝. 关键词 着丝粒DNA 顺序 5S rDNA 拷贝数 DNA 纤维荧光原位杂交(DNA Fiber-FISH) 水稻 自从Henry [1] , Wiegant[2] , Parra 和 Windle[3]等人 本实验室采用已知大小的 DNA 顺序和 BAC 在制备出的DNA 纤维(extended DNA fiber)上进行原 (bacterial artificial chromosome) 克隆验证了 Fiber- 位杂交获得成功以来, 伸展DNA 纤维原位杂交(fiber FISH 测定水稻 DNA 顺序拷贝数的可行性和精确程 fluorescent in situ hybridization, Fiber -FISH)技术已在 度, 在此基础上进行了RCS2 和5 S rDNA 的拷贝数分 人类基因组研究 物理图谱构建 染色体畸变研究等 析. [1 5] 多个方面得到了广泛的应用 . 1 材料与方法 [6] 1996 年, Fransz 等人 首先将这一技术引入植物 ( ) 植物材料. 水稻品种“广陆矮四号”(Oryza , 拟南芥和番茄的小重复序列和cosmid 连接群(contig) sativa ssp indica cv Guangluai No4) 由中国科学院国 研究, 之后人们在水稻 玉米 小麦 甜菜和油菜等 [6~9] 家基因研究中心提供. 多种植物中都成功地进行了应用 . Fiber-FISH 的 ( ) 染色