微生物多样性检测常见问题-欧易生物.PDF

微生物多样性检测 常见问题 上海欧易生物 技术支持部 微生物多样性检测常见问题 目 录 1. 哪些环境样品可以进行微生物多样性检测？2 2. 进行环境微生物多样性测序一般可以鉴定到物种的哪个分类水平？2 3. 客户想关注某些特定的菌，比如甲烷氧化细菌、固氮菌等。进行16S rRNA 测序可否注释一下哪些菌属于这类菌的范畴？2 4. 环境微生物多样性测序的应用领域？2 5. Miseq 平台的优势在哪儿？它和Hiseq 的区别在哪儿？2 6. Miseq 平台的微生物多样性测序取样应该注意哪些事项呢？3 7. PCA 和PCoA 分析的不同？4 8. 多样性分析中会引入OTU 的概念，OTU 究竟代表什么意思？4 9. 微生物的分类阶元有哪几个级别？4 1 微生物多样性检测常见问题 1. 哪些环境样品可以进行微生物多样性检测？ 针对宿主的相关样品如皮肤、口腔、呼吸道、消化道、生殖道等；针对环境的相关样品， 如土壤、水体、空气、盐湖、沼泽等，均可进行微生物多样性检测。 2. 进行环境微生物多样性测序一般可以鉴定到物种的哪个分类水平？ 一般用16S rRNA 基因测序可以分类到属的级别，现有的rRNA 序列数据库提供的物种 分类软件也只支持鉴定到属的级别。这主要是因为16S rRNA 序列在某些物种间差别非常小 加上测序固有的错误率存在，我们如果降低取信要求，鉴定到种，能够使用的序列过少，鉴 定的结果可靠性也会降低。 3. 客户想关注某些特定的菌，比如甲烷氧化细菌、固氮菌等。进行16S rRNA 测序可否注释一下哪些菌属于这类菌的范畴？ 可以。我们公司的标准分析项目包含各个样本中物种的注释。标准分析结果中客户会得 到含有物种注释的文件。客户可以在此基础上挑选出感兴趣的物种。 4. 环境微生物多样性测序的应用领域？ 环境微生物多样性测序的应用领域非常广： 包括疾病诊断、疾病机理、药效评价、药 物机理等医药方面；环境微生物差异研究、生物地理学研究等环境生态学方面；植物保护、 连作障碍、作物生长与根际微生物关系等植物科学方面； 动物肠道微生物研究等动物科学 方面；污水处理、油污利用、酿酒微生物研究等工业应用方面；还有某些重要次生代谢物相 关的环境微生物多样性研究等。 5. Miseq 平台的优势在哪儿？它和Hiseq 的区别在哪儿？ Miseq 可以说是新一代小型化的“椅上型” （bench-top ）测序仪的代表，备受期待。Miseq 因其卓越的性能和小型化的优势，潜在的应用领域十分广泛，已不再局限于传统的生物实验。 “Hiseq和Miseq 的确有许多相同之处。它们所使用的技术很多是一样的。不过它们之间 也有很多不同点，从一开始，Miseq就是以新一代个人化测序仪的定位来设计的。Hiseq的设 计理念是追求最高的通量，尽可能读出更多的DNA序列。而Miseq 的设计意图却有所不同， 它的追求是效率：它可以在一个8小时的工作日内，从DNA开始分析一个样本，并获得最终 结果。在这样的短时间内就完成了一个完整的工作流程。至于这个测序系统有多迅速，具体 地说，Miseq 的一个测序循环只要5分钟，而Hiseq 的一个循环则需要40分钟。然后是把这些 性能都整合到一个小型的椅上型系统中去：所有的功能，从反映簇生成到对读测序读取和索 2 引，以及后续的数据分析都由一个设备来完成，从建文库到出结果报告是一个衔接流畅的 过程。 此外，简单易用也是Miseq的一大特点，因为所有功能都整合在一起了。 Miseq 的产生是建立在一系列不可或缺的技术改进之上的，包括在化学、分析工具、数 据存储和样品制备技术上的进步，使得测序的准确性提高，读长更长，通量更高。” ——Illumina亚太区总裁TimOrpin ，摘自《Elite》杂志 6. Miseq 平台的微生物多样性测序取样应该注意哪些事项呢？ 土壤、底泥：5-10g; 土壤可采用多点采用法进行土壤样品收集，需要-80℃保存，干冰运输。 水体：1-3L 水样用0.22μm滤膜过滤;