利用36B4基因扩增效率评价PBMC基因组DNA制备质量.docVIP

利用36B4基因扩增效率评价PBMC基因组DNA的制备质量 　　[摘要]目的 建立一种评价PBMC基因组DNA制备质量的简便有效的方法。方法 本研究采用实时定量PCR技术，对样本中的单拷贝基因36B4进行扩增，以考察扩增效率与样品质量之间的关系。结果 经DNase Ⅰ处理的基因组DNA中的36B4扩增效率显著低于未处理样品。采用该方法，对18份健康志愿者的血液标本基因组样品进行检测分析，结果显示，其可以有效地评估血液标本基因组制备质量。结论 该方法可用于评价健康体检标本采集中的流程和操作对体检的影响，提高涉及基因组DNA检测体检项目的准确性 [关键词]单拷贝基因；基因组DNA；血液标本；定量PCR [中图分类号] R-331 [文献标识码] A [文章编号] 1674-4721（2016）10（a）-0004-04 [Abstract]Objective To establish a simple and effective method for evaluating the preparation quality of the genomic DNA from PBMC.Methods In this study，real-time quantitative PCR technique was used to amplify the single copy gene 36B4 in a sample to investigate the relationship between the amplification efficiency and the quality of samples.Results The amplification efficiency of 36B4 in the genomic DNA treated by DNase Ⅰ was significantly lower than that of the untreated sample.By using this method，the blood samples from 18 healthy volunteers were detected and analyzed，the results showed that the preparation quality of blood sample genome was effectively evaluated.Conclusion The method can be used to evaluate the influence of the process and operation on the physical examination in the sample collection of health examination，and to improve the accuracy of the test item of the genomic DNA. [Key words]Single-copy gene；Genomic DNA；Blood sample；Quantitative PCR 细胞基因组DNA含有重要的遗传信息，通过检测基因组的DNA序列、拷贝数等信息，可提供细胞遗传和病理的信息，其被广泛应用于遗传病、肿瘤和衰老等诸多领域。随着精准医学的广泛应用，基因组DNA需求也越来越多[1]。制备好的基因组DNA相对较稳定，可长期存放用于相关研究。细胞采集、运输、保存到基因组制备操作过程等多个环节可影响DNA制备的质量，从而可能对后续检测，特别是定量检测结果产生影响 评估基因组质量可为后续检测提供良好保障，常用的DNA琼脂糖凝胶电泳方法可比较直观地观察DNA的降解情况，但敏感度较差。利用DNA在紫外波长区的吸光度（OD），测定OD260与OD280比值，可以判定DNA的纯度，利用OD260读数，可以较精确地定量DNA含量，但是由OD260的读数计算所得的基因组DNA含量包含了降解的DNA片段，并不能很好地反映基因组的质量 基因组中含有单拷贝的基因，其与基因组DNA含量有较高的一致性，在基因组降解时，单拷贝的基因也相应降解。通过实时定量PCR技术检测单拷贝基因扩增效率，可以反映基因组降解情况，能够被用来作为评估基因组DNA质量的方法。本研究选取编码酸性核糖体磷酸蛋白PO的36B4基因为目的基因进行扩增[2]，可有效评估制备的基因组DNA的质量 1材料与方法 1.1全血基因组DNA制备 采用QIAamp DNA Blood Mini Kit试剂盒（Qiagen公司，Lot No.148030300）抽提EDTA抗凝全血中外周血单核淋巴细胞（P