4-基因的概念.pptVIP

Tm接近天然D.SDNA的Tm Tm低于天然D.SDNA的Tm 单一序列的 S.S.DNA 复性D.S. DNA 复性D.S. DNA 重复序列的 S.S.DNA 结果表明： a) Non-repetitive S.S. DNA Renatured by exactly pairing b) Repetitive S.S. DNA More renatured by partially pairing More inexactly pairing and mis-pairing 高C0t(1/2) 低C0t(1/2) c) 重复家族成员间 彼此相似 相似成员间的复性速度 相同成员间的复性速度 相似成员间的C0t(1/2) 相同成员间的C0t(1/2) 相似成员间的Kinetic Complexity 相同成员间的 K.C. 导致低估重复序列中的重复频率 (F) ＞ ＜ ＞ 相同成员 突变 部分配对，错误配对愈多，变性时 Tm 值愈低 分子杂交中，杂交温度（复性）一般为 Tm － (25 ~ 30℃) = 55 ~ 65℃ 高于55~65℃，为高严谨杂交条件 （用于单一序列探针） 低于55~65℃，为低严谨杂交条件 （用于重复序列探针） Why ? 6.3.3.3 重复序列分类 a)?? 高度重复序列 ( High repetitive sequence) Microsatellite DNA 2-10 bp / copy 105-106 copies / genome C0t(1/2) 0.001 多为串联重复排列 分布于着丝点, 端粒区, 结构基因两侧 heterochromatin 5-50 copies / genome Minisatellite DNA ( Variable number tandem repeats . VNTR ) 104 bp fragment CsCl gradient centrifugation Sequence in satellite DNA Sea crab 2 ATATAT….. Drosophila 5 ATAATATAAT….. Mouse 9 GAAAAATGAGAAAAATGA bp of repeat unit sequence Prokaryote Eukaryote (GC%) 42 41 34 55 MOUSE CALF 高度重复序列（micro-satellite） 不编码基因 （功能？） 无选择压力 （multiple allele 可保留在群体中） （ 有效的分子标记， SSR simple sequence repeat） b)??中度重复序列 ( middle repetitive sequence ) 0.1-1 Kb / copy 10-104 copies / genome C0t(1/2) ~ 0.001 - 0.1 rDNA tDNA Alu family Histone gene cluster rDNA gene family Sea urchin 450copies Tobacco 750 copies Drosophila 100 copies Histone gene family H1 H4 H2B H3 H2A T 18s T 5.8s T 28s NT 18s T 5.8s T 20s 32s 28s 5.8s 45s 41s 18s 真核生物的 Alu family 300,000 copies 广泛分布于非重复序列间 Function ? 300bp 300bp 300bp 6000bp 6000bp 6000bp 6000bp DR DR IR IR AGCT Alu site A copy of Alu family Transposon ? 遗传性疾病 middle repeat gene 特点 cluster gene tandem gene redundant gene 拷贝重复，多量 序列多为相似 排列成束 功能完全相同 具有进化的整体性，累积突变 数量性状基因（量多，微效，效等，累加？） 不等于中度重复基因 Structure of repetitive sequence of DNA DR Dire