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2017-05-15 发布于湖北
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三维分子结构检索系统的柔性构象检索.pdf

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三维分子结构检索系统的柔性构象检索

第 16 卷　第 2 期计算机与应用化学 Vol 116 , No12 1999 年 3 月 28 日 Computers and Applied Chemsitry March , 1999 ·研究论文· 三维分子结构检索系统的柔性构象检索① ② 陈海峰　姚建华　袁身刚　荔建锋　杨铄　郑崇直 ( 中国科学院上海有机化学研究所 , 中国科学院计算机化学开放实验室　上海　200032) 范波涛　A. PANA YE 　J 1P 1DOUCET (法国巴黎第七大学 , 拓扑及系统动力学研究所　法国巴黎　75005) 摘　要　介绍了 Monte Carlo 法和遗传算法两种柔性构象检索方法 , 并对 4 种药效团进行了柔性构象检索 , 经过对比发现遗传算法可以在比较合理的时间内得得到较多的命中结构 , 比Monte Carlo 法更适用于柔性构象检索。关键词　柔性构象检索 , Monte Carlo 法 , 遗传算法中图号　O 561 11 , O 6 - 39 CONFORMATIONALLY FLEXIBLE SEARCHING IN 32DIMENSIONAL STRUCTURE SEARCHING SYSTEM CHEN Hai2Feng 　YAO Jian2Hua 　YUAN Sheng2Gang 　LI Jian2Feng YANG Shuo 　ZHENG Chong2Zhi ( L aboratory of Computer Chemist ry , S hanghai Institute of Organic Chemist ry , Chinese Academy of Sciences , Shanhai 　200032) FAN Bo2Tao 　Annick PANAYE 　J ean2Pierre DOUCET ( I TOD YS U niversite de Paris Ⅶ, Paris , France 　75005) ABSTRACT 　Two conformationally flexible searching methods , Monte Carlo and genetic algorithm , are introduced in this paper. Their performance was tested by four pharmacophores searching against a 25 000 3D structural database. The result showed that genetic algorithm can get more hit structures in a reasonable time than Monte Carlo does. It is conclud2 ed that genetic algorithm is more relevant method for 3D conformationally flexible searching. KEYWORDS 　Conformationall