Swiss-PDBViewer4.0.1的使用.PDFVIP

Swiss-PDB Viewer 4.0.1的使用 组别：G08 报告人：屈平平 组员：史学晖、李晓、赵德辉、屈平平 Swiss-PDB Viewer 4.0.1的简介 ? Swiss-Pdb又名DeepView是一个可以同时 分析几个蛋白应用程序。 ? 通过蛋白质叠加以推断结构比对和比较 它们的活性部位或任何其他相关的部分。 ? 通过直观的图形和菜单界面很容易获得 氨基酸的突变、氢键、角度和原子之间的距 离。 ? Swiss-Pdb也可以阅读电子密度图，并提 供了各种工具来构建密度图。另外，不同的 建模工具可以集成和残基可被突变。 Load protein ? 载入一个蛋白质分子常用到以下方法： ? 1.可以直接在菜单file →open PDB file ? 2.也可以在打开PdbViewer 之后再直接 把 文件拖进去即可 ? 说明：以上两种方法除可以打开PDB格 式外也可以直接打开txt或fasta格式 当打开一个文件后的界面（以人的胰岛素为例） Windows选项卡作用 在windows 下有如下各种功能control panel, layers infos, alignment (1)Control Panel 刚刚打开文件之后然后点击wind下 Control Panel 选项，如图所示： Control Panel功能介绍 ? 氨基酸残基(show) ? 显示侧链(side) ? 标注残基(lable) ? 显示分子表面( ) ? 螺旋和折叠(ribbons) ? 颜 色修饰(color) ? ribn: 是否以丝状显示 螺旋和折叠 wind选项卡的功能 （2）Layers infos ? ? 当前活动分子用红色表示 ? vis是用来控制这个蛋白质可见还是不可见 ? mov 是用来控制这个蛋白质是否可以移动（可将两条重合的肽链分开） ? ? aixs 给该图形加一个坐标轴，该坐标轴有三个方向，x ，y ，z ? ? CA用来控制是否只显示蛋白质的主链的碳原子 ? ? O,H可以决定是否在图形中显示氢和氧原子 ? ? sel是用来显示在control panel 中所选择的氨基酸的残基数 ? ? Hbnd控制是否显示氢键：先选择 Tool→Compute H-Bonds，再选择 Layers Info中的 Hbnd，氢键就会以绿色的形式表现出来。或者选择 Display→show H-bonds，如果想进一步查看H键的长度，可以选择Display show H bonds distances Display-------show H-bonds distances ? ? HOH表示水分子或者是溶剂 (3)Alignment 应用Alignment进行序列比对。点击左侧 的小图标以文本形式显示比对的结果 可以以 文本形式显示比对的结果： (3)Alignment 居中显示 移动蛋白质，但不能旋转 放大或缩小蛋白质 ? 旋转蛋白质结构图形 是以某个氨基酸残基为中心，显示在一定范围内 的所有氨基酸基。 用来测量两个原子间的距离 ? 用来测量两个原子间的距离 ? 选取任意两点，即可测得这两点间的距离 测量三个相邻原子的角度 ?