草菇α-淀粉酶基因的生物信息学分析.pdfVIP

食 用菌学报 ? ????．?????：?～??? 文章 编号 ：????—????????????—????—??? 草菇?一淀 粉 酶 基 因的 生 物信 息 学 分 析? 杜慕 云?。，杨仁 德?，李 剑?，谢 宝贵? ??贵 州 省 土 壤 肥 料 研 究所 ，贵 州 贵 阳 ??????；。福 建 农 林 大 学 菌 物 研 究 中心 ，福 建 福 州 ???????? 摘? 要 ：基 于 草 菇 ??????????????????????基 因组 和 转 录组 数 据 ，通 过 生物 信 息 学 的方 法 对 草 菇 ?一淀粉 酶 基 因进? 行 基 本 理 化 性 质 、内含 子 和 外 显 子 结 构 、信 号 肽 、亚 细 胞 定 位 和 功 能 位 点 的 预 测 与 分 析 ，并 构 建 系 统 发 育 树 。? 结 果 表 明 ：编 码 草 菇 ?一淀 粉 酶 的 基 因 有 ?个 ，分 别 为 ???????、???????、???????、???????? 和? ????????；?个 基 因编 码 的蛋 白相 对 分 子 量 介 于 ??．?～??．???? 之 间 ，磷 酸化 以 ???位 点 为 主 ，大 都 存 在 信 号? 肽 ，亚细胞定位在细胞外 ，保守结构域和空间结构 相似 度较 高。和其 它的担子 菌一样 ，草菇 ?．淀粉酶可 以分 为? 两 类 ：???????和 ????????归 为 ?一淀 粉 酶 ?类 ，???????、???????和 ????????属 于 ?．淀 粉 酶 Ⅱ类 。? 关 键 词 ：草 菇 ；?．淀 粉 酶 基 因 ；生 物 信 息 学? 食用菌在 菌丝生 长 阶段 主要 通过 分 泌大量 的? 屏 优一号 进 行 单 孢 分 离 获 得 的单 孢 菌 株 ?????? 胞外酶来进 行基质分解 ，以获得生长发育所 必需 的? 进行 基 因组 从 头 测 序 以及 对 单 孢 ?????进 行 重? 外源 营养物质 。 目前关 于基 质 降解 酶类 的研究 主? 测 序和转 录组 测 序获 得 口?，由福 建 农 林 大 学 菌 物? 要集 中于菌丝木质素 降解 分泌酶??，而对 于容 易被? 研 究 中心提供 。? 利用 的 重 要 碳 源— — 淀 粉 降 解 酶 类 的研 究 则 较? ?．?仅一淀粉 酶基 因的确 定 与结构 分析? 少 。?．淀粉酶 ??，?? ?．葡 聚糖．葡 聚 糖水 解 酶 ?是? 采用 ????????．??软件 ，从 ?????基 因组 测? 降解 淀粉 的一种 关键 酶 类 ，属 于 糖苷 水 解酶 第 ??? 序 数据 中筛选 出拼 接注释为 ?．淀粉酶 的基 因 ，之后? 家族 ??????，既作用于直链 淀粉 ，又作用 于支链淀? 与转 录组测序数据 进行 比对 ，将注 释到的 ?．基 因进? 粉???。研 究表 明担 子菌 中多数 编码 ?．淀 粉酶 的基? 行 本地 ?????寻 找 同 源 性 ，将 同源 性 高 的 基 因用? 因不 止一个 ，如编码糙 皮侧耳 ?????????????????????? ?????软件 进行可 视化 分析 ，确定 相 似 区域 、去 冗? 的 ?．淀 粉 酶 基 因 有 ? 个 ，编 码 裂 褶 菌? 余 ，并将 该 基 因与 ?????重 测 序 基 因 组数 据 进 行? ????????????????????????．淀 粉 酶 的 基 因 有 ?? 序 列相似性 比对 ，以验证序列 的准确性