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DL-Poly 软件使用指南
DL-Poly 软件使用指南 2009 年 3 月 中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心 1 1. 软件介绍 Dl_poly 是一款常用的串行和并行分子动力学模拟软件包。我们安装的版本是 2.20 版和 3.09 版。 2 . 2.20 版： 2.1 软件的安装与测试 2.1.1 安装目录及安装信息 安装目录：/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/dl_poly/dl_poly_2.20 2.1.2 测试结果 m(n,n)：表示在两个结点上各用 n 个 cpu，共 m 个进程 所有测试都是在 lustre 上运行； 测试 1：/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/dl_poly/dl_poly_2.20/DATA/TEST10/LF CPU 数 wallclock CPU 加速比 1 58s 2 38s 4 28s 8 26s 16(8,8) 24s error - parameter mxlshp exceeded in shake 32(8,8,8,8) arrays 测试 2：/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/dl_poly/dl_poly_2.20/DATA/TEST20/LF CPU 数 wallclock CPU 加速比 1 87s 2 45s 4 25s 8 18s 16(8,8) error - intlist failed to 2 assign constraints 2.2 软件的运行使用方法 1。进入数据所在目录 2 。 mpirun –machinefile HOSTFILE –np NPROCS /home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/dl_poly/dl_poly_2.20/execute/ DLPOLY.X_mpi 2.3 作业提交 登录到 LB 结点之后，在$HOME/.bashrc 文件里面加入下面内容： export PATH=$PATH: /home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/dl_poly/dl_poly_2.20/execute/ 进入到数据所在目录，用 bsub 提交作业： bsub -W MIN -n NPROCS -a intelmpi -q QUEUE -e %J.err -o %J.out mpirun.lsf DLPOLY.X_mpi MIN：为作业估计的运行时间（分钟） NPROCS：作业进程数 QUEUE：目标队列 3. 3.09 版 3.1 软件的安装与测
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