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试验报告[2013-03-21] 第 PAGE \* MERGEFORMAT 4页，共 SECTIONPAGES \* MERGEFORMAT 2页 编号：农业微生物研究中心 [2013-03-26] 共 NUMPAGES \* Arabic \* MERGEFORMAT 7页 承担单位： 福建省农科院农业生物资源研究所 试验设计： 试验项目： 深度测序数据的质量校正（quake） 试验人员： 唐唯其 Tang Wei Qi 试验负责： 报告日期： 2013-03-26 计数月份： 2013年01月 研究资格系数(0.5-1.0)实验设计系数（0.9-1.0）报告得分总分实验设计实验记载实验分析实验简报实验文章1-20%21-40%41-60%61-80%81-100%1%-5% 设计不足，实施错误 6%-10% 设计不全，实验无果 11%-15% 设计可以，实施不全 16%-20% 设计完整，分布实施21%-25% 实验不全，记载无果 26%-30% 实验不足，记载不全 31%-35% 独立实验，记载不全 36%-40% 分布实验，记载完整41%-45% 目的明确，实验完成 46%-50% 实验完整，记载清晰 51%-55% 实验系统，结果可信 56%-60% 实验创新，分析清晰61%-65% 实验创新，结论清晰 66%-70% 实验完整，统计清晰 71%-75% 实验系统，数据可靠 76%-80% 报告完整，文章雏形81%-85% 结构合理，分析有据 86%-90% 逻辑清晰，统计合理 91%-95% 图表完整，写作流畅 96%-100% 文献完整，发表水平 福建省农业科学院农业生物资源研究所 农业微生物研究中心 电话: 0591 传真: 0591 HYPERLINK / fjat HYPERLINK / . 试验报告[2013-03-26] 第 PAGE \* MERGEFORMAT 5页，共 SECTIONPAGES \* MERGEFORMAT 6页 试验目的 质量校正就是在深度测序中，校正测序错误的碱基。一般可基于Kmer频率，将极低频率的Kmer替代为序列非常相近的正常频率的Kmer。通过质量校正，可以减少数据的错误率，从而有利于拼接和比对。 本文选择使用Quake（Kelley等，2010）校正器（corrector），以青枯雷尔氏菌FJAT-1458（以下简称RS98）为例进行质量校正，并对质量校正前后的数据通过Kmer频率统计进行比较。 实??内容 2.1 quake的下载、安装和使用说明 jellyfish网站： HYPERLINK /software/quake /software/quake 从该网站下载必威体育精装版版本的quake源代码，Version 0.3，网站含有使用说明：  HYPERLINK /software/quake/manual.html /software/quake/manual.html 而Quake的安装说明包含在源代码中（README文件），基于该文件的指导进行安装。 quake的核心程序correct是基于C++开发，并且使用了boost库（C++准标准函数库），在Linux操作系统中除了需要GCC编译器之外，还需要额外安装boost（如centOS，默认未安装），使用yum命令进行boost的安装，命令如下： yum install boost yum install boost-devel 安装完boost之后，要修改quake的src/Makefile文件，找到CFLAGS=-03 -fopenmp这行，改为： CFLAGS=-03 -fopenmp -I/usr/include/boost -I /usr/include/boost是boost的默认安装位置（yum），如果是其他方式安装的boost需要找到相应的位置，比如：/usr/local/include/boost等。 之后，在src目录下，输入“make”，进行编译。编译完成之后，在Quake/bin目录下，含有可执行程序。 Quake自带Kmer计数器count-qmers，但是这个程序是单线程，Quake推荐使用jellyfish作为kmer频率的counter，因此，将jellyfish链接至bin目录下。 Quake在进行Coverage cutoff计算时，使用了R语言的VGAM模块，因此，使用Quake还需要R语言以及VGAM包。如果系统没有R语言，还需要安装R语言，安装过程如下： 在CentOS下从源代码安装R语言，需要先安装三个程