Miseq操作流程及报价须知.docx

一、最简单快速到建库方法 Illumina为研究者提供了最简单快速到建库方法，使用Illumina Nextera转座子酶技术，在试管内即可完成DNA片段化，不需要物理剪切或者酶切步骤，一步完成DNA片段化，末端补平和加接头步骤，整个操作流程只需要90分钟，手动操作步骤不超过20分钟，起始DNA只需要50ng。整合的高度自动化的系统，点击触摸屏即可开展测序Miseq提供了最简单的新一代测序流程。通过直观的触摸屏界面开展简单的仪器操作，即插即用的试剂带有RFID追踪，具有自动化的便利。小巧、一体化的Miseq平台整合了簇生成，边和成边测序和完整的数据分析，不再需要其他辅助性设备。整个簇生成和测序过程手动操作不超过20分钟。经验证的数据质量以Illumina久经考验的边合成边测序技术为基础，通过专利的可逆终止法对数百万个片段进行大规模并行测序，在单个碱基掺入增长DNA链时检测它们。由于每个检测循环中四种可逆终止子结合的dNTP都存在，所以自然竞争让掺入偏差最小化，与其他技术相比大大降低了原始错误率。最终结果是高度准确的每个碱基的测序信息，即使是重复序列区和同聚物都确保了可靠的碱基检出。 文库构建：剪切，加接头 二、整合的高度自动化的系统，点击触摸屏即可开展测序Miseq 提供了最简单的新一代测序流程。通过直观的触摸屏界面开展简单的仪器操作，即插即用的试剂带有 RFID 追踪，具有自动化的便利。小巧、一体化的 Miseq 平台整合了簇生成，边和成边测序和完整的数据分析，不再需要其他辅助性设备。整个簇生成和测序过程手动操作不超过 20 分钟。三、经验证的数据质量以 Illumina 久经考验的边合成边测序技术为基础，通过专利的可逆终止法对数百万个片段进行大规模并行测序，在单个碱基掺入增长DNA 链时检测它们。由于每个检测循环中四种可逆终止子结合的dNTP 都存在，所以自然竞争让掺入偏差最小化，与其他技术相比大大降低了原始错误率。最终结果是高度准确的每个碱基的测序信息，即使是重复序列区和同聚物都确保了可靠的碱基检出。 对于不同测序长度、不同测序样本量的最佳测序方案比较  HYPERLINK /?c=blogq=%B8%DF%CD%A8%C1%BF%B2%E2%D0%F2%B7%FE%CE%F1by=tag \t _blank 高通量测序服务  HYPERLINK /?c=blogq=%B6%FE%B4%FA%B2%E2%D0%F2%B7%FE%CE%F1by=tag \t _blank 二代测序服务  HYPERLINK /?c=blogq=hiseqby=tag \t _blank hiseq  HYPERLINK /?c=blogq=%C0%A9%D4%F6%D7%D3%B2%E2%D0%F2by=tag \t _blank 扩增子测序  HYPERLINK /?c=blogq=sanger%B2%E2%D0%F2by=tag \t _blank sanger测序 对于不同测序长度、不同测序样本量的最佳测序方案比较 1. 根据对于单个样本所需检测的基因范围分三档 a. 测序范围 = 100Kb，推荐用Sanger法测序 b. 500Kb = 测序范围 100Kb，推荐用扩增子法测序 c. 200Kb 测序范围 = 100Mb，推荐用目标区域捕获测序 2. 根据上面的分法，经济比较 a. Sanger法测序，适用范围：测序范围长度 = 100Kb i. 用传统sanger法测序， 1. 每500bp测一对来回，每个测序20元（PCR + sanger测序）。 2. 每个样本的测序成本：100000/500 * 20 = 4000元/样本。 3. 数据分析，500元/样本 4. 再加一点人工，总成本4500元/样本以内就完成了。是优势选择。 ii. 用高通量测序，建库2000元/样本，再加测序的上机费1000~3000元/样本，还有二代测序必须的生物信息分析费，成本上不占优势。高通量测序在此的唯一的优势，是可以在一个试管中完成PCR，减少起始样本（DNA）用量 b. 扩增子 + 二代测序，适用范围：500Kb = 测序范围长度 100Kb i. 用扩增子（Amplicon）法测序 1. 以200Kb，100样本为例 2. 引物及PCR，设计多重PCR引物，每个扩增子约150Bp的长度，总120000元，分摊到每样本，1200元 3. PCR反应，成本 20元/样本 4. 建库，2000元/样本 5. 测序， a. Miseq平台，5G数据/run，26500元/run b. 如果一次跑一个run，测24个样本，每个样本的测序部分的成本：26500/24=1104元/样本 c. 如果一次跑