基于pdb的转录因子结合位点的预测大学论文.docVIP

PAGE 南京邮电大学 毕 业 设 计（论 文） 题 目 基于PDB的转录因子结合位点的预测 专 业 生物医学工程 毕业设计（论文）原创性声明 本人郑重声明：所提交的毕业设计（论文），是本人在导师指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已注明引用的内容外，本毕业设计（论文）不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品成果。对本研究做出过重要贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明并表示了谢意。 论文作者签名： 日期： 年 月 日 摘 要 mRNA转录起始调控是调控的基本控制点，其实质是转录因子结合相应的调控元件，影响了RNA聚合酶的活性，从而影响了基因的转录水平。 本文从蛋白-核酸复合物的结构数据出发，利用复合物作用力计算软件得出复合物中可能存在的氨基酸侧链同核酸之间的作用对。统计复合物集合中氨基酸侧链-碱基作用对的使用情况，计算出使用频率。把频率差异转化成数量参数生成打分矩阵，再结合转录因子同DNA的结合模式，用于结合位点的预测。通过序列比对可以得出同家族中核酸序列部分也具有一定的相似性，初步得出结合模式，通过验证该结合模式下的打分值排名均非常靠前，但用于结合位点的预测具有相当大的局限性。 最后在上述研究的基础上，构建了转录因子结合位点预测平台。 关键词：基因调控；蛋白-核酸复合物；转录因子；结合位点 Abstract mRNA transcription regulation is the basic step in gene regulation. Its essential is that transcription factors(TF) bind to elements to affect the RNA polymerase’s activeness. From the 3-D structural data of protein-DNA complexes, NUCPLOT software computes all the interaction between amino-acids’ side trains and DNA. This paper makes the present frequency of 20*4 kinds of amino acid-base interactions in each set. The difference of each set’s present frequency is observed. So the quantity parameter is used to represent the preference of amino acid-base pairs in a protein-DNA complex data set. The parameter forms the scoring matrix, with the binding mode of TF to DNA, the potential binding sits of TF are predicted.Through the alignment approach we can learn that the nucleic acid sequences also have a certain similarity in the same family. So we can get the preliminary binding mode.By verifying we can find that the value of the binding mode is in very front rank.But we still can’t use this binding mode to predict the binding sites. Based on this paper’s research results, a platform is created to predict the potential DNA binding site of TF. Key words: gene regulation；protein-DNA complex；transcription factor ；binding site 目 录 TOC \o 1-3 \p \h \z \u HYPERLINK \l _Toc264278356 第一章 绪论 ……