1(大纲版)-崔志刚.pdf

2015/4/22 1 细菌性传染病分子分型监测 崔志刚 中国CDC 传染病所 传染病预防控制国家重点实验室 病原学监测 流行病学监测 种 亚型 分子分型 呈现 不同 网络直报 专项调查 … 背景 传染病监测 背景 We are observing a shift from the typical point source, or “church supper” outbreak, which is relatively easy to detect to the more diffuse, widespread outbreaks that occur over many communities with only a few illnesses in each community. /pulsenet/whatis.htm 当前传染病的扩散远比以往快得多、广泛得多，甚至成为全球性问题，却 不容易被早期发现。 一些暴发病例因为出现在不同时间、不同地点，流行病学上难以联系起来。 即便分离到病原体，也仅能提供诊断，不能发现暴发。 我们正看到传染病从既往“教堂晚餐”式的点源暴发、转变为散开的涉及 更大范围的暴发：在一个地区仅有少量的病例，但扩散到更多的地区。前 者容易被发现，而后者要复杂困难得多。 背景 背景 目标 暴发 流行病学上容易发现的暴发 流行病学上难以或不能发现的暴发 通过传染病病原体的分析监测 2015/4/22 2 传染病监测预警 流行病学监测预警 病原学实验室监测预警 微生物学特征 分子特征 策略 解决之道： ?更敏感的监测 ?信息沟通 ?流行病学监测 + 实验室监测 传染病是由病原体引起的，具有共同来源的病原株在遗传特征上是 相同或非常相似的。 表型： 随培养条件是可变的 基因型： 稳定遗传 表型与分子分型 方法 主要分型技术-PFGE 方法 多位点序列分型 （ Multilocus sequence typing，MLST） 多位点可变数串联重复序列分析 （Multilocus Variable-Number Tandem Repeat Analysis, MLVA ） 其他分型技术 方法 … Internet Intranet VPN 应用服务器 BN Oracle + 中央数据服务 器 省级用户 内部用户 BioNumerics+Script s+ BN 服务器 VPN 网络 分离培养 数字化 记录联接 比对分析 电泳 报 告 疫 情 行动 调查 流行病学分析 中心实验室 网络实验室 网络实验室 网络实验室 网络实验室 网络实验室 网络实验室 ? 传染病监测的新技术体系：Lab + IT 传染病实验室分子分型溯源网络 S S S S S 2004年9月，美国和日本同时报告了宋内志贺菌的暴发。源头：夏威夷 传染病暴发溯源 目的 2015/4/22 3 预警和减少发病与死亡 0 10 20 30 40 50 60 70 1 8 15 22 29 36 43 50 57 64 71 Day of Outbreak Nu mb er of Ca ses outbreak detected 1993 Meat recall 1993 Western States E. coli O157 Outbreak 726 cases 4 deaths 39 d 2002 Colorado E. coli O157 Outbreak 0 10 20 30 40 50 60 70 1 8 15 22 29 36 43 50 57 64 71 Day of Outbreak Nu mb er of Ca ses outbreak detected 2002 18 d CL PHL: 0-7 d PHL: 4-7 d Slide courtesy Bala Swaminathan, CDC Atlanta 目的 2008年9月1日-至2009年2月22日 发现651例，来自43个州，死亡8例 病例-对照调查：与花生酱相关（mOR=2.53），尤其某些花生酱饼干（mOR=12.25）。 流行病学和实验室调查发现源头为一个工厂生产的花生酱和花生糊，这些产品同时也是多家 食品生产厂家的中间材料。 已建议消费者丢弃和不要吃被召回的那些品牌的食品。 隐蔽性、多源性，通过实验室监测和流行病学监测发现和鉴定。 花生酱污染导致的鼠伤寒沙门菌沙门菌暴发，美国，2008-2009 食品安全 目的 组织形式-PulseNet China 以国家疾病预防控制中心的中心实验 室协调管理、基于各地区疾病预防控制中 心专业实验室对分离的病原菌DNA“指纹 特征”检测（主要整合病原菌分子分型技 术）分析、数据交流而建立的实验室监测 网络。 针对