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华侨大学计算机科学与技术学院 生物信息学实验报告 姓名：_______纪新婷_________ 学号：_1025112018_____ 专业班级：_计算机科学与技术1班________ matlab软件Bioinformatics Toolbox工具包中的常用基本函数： （1）baselookup(Complement, SeqNT) baselookup(Complement, ｕｇｇｇａｕｕａｕｃｃａａａａｕｇｕｇａ) ans = ｕｇｇｇａｕｕａｕｃｃａａａａｕｇｕｇａ ans = ｕｇｇｇａｕｕａｕｃｃａａａａｕｇｕｇａ 函数 baselookup()的第一个叁数表示的是该函数所使用的方法，在这个例子中的“Complement”表示的是该函数所实现的功能是对核苷酸序列的补充，而”SeqNT”表示的是核苷酸的序列，在这个例子中我们引用得非典的核苷酸序列。 SeqRNA = dna2rna(SeqDNA) SeqRNA = dna2rna(CCTGCCTTAATGTGCCTC) SeqRNA = CCUGCCUUAAUGUGCCUC 函数dna2rna(SeqDNA)实现的功能是将DNA序列转化为RNA序列，函数中的参数SeqDNA是DNA序列。 SeqR = seqreverse(SeqNT) s = CCTGCCTTAATGTGCCTC; seqreverse(s) ans = CTCCGTGTAATTCCGTCC 函数seqreverse(s)返回一个DNA的核苷酸序列的反向链，函数中的参数s是DNA序列。 gag = multialignread(aagag.aln); showalignment(gag) 函数showalignment(gag)的作用是显示多序列比对。 ramachandran(PDBid) ramachandran(1E31) 函数ramachandran(PDBid)的功能是蛋白质数据库（PDB）的数据绘制的图， 其中‘1E13’是人的Survivin基因在PDB中的标识符。 seqdotplot(Seq1, Seq2) seqdotplot(CCTGCCTTAATGTGCCTC,CTCCGTGTAATTCCGTCC) 函数seqdotplot(Seq1, Seq2)的作用是创建两个序列的散点图，以达到可视化的两个序列之间的匹配。 学习Bioinformatics Toolbox工具包中的seqstatsdemo.m和aligndemo.m两个例子： seqstatsdemo.m: % 大家公认的人类线粒体基因组序列的编号为：NC_012920，我们仅仅使用核苷酸（nucleotide）序列，所以用SequenceOnly这个标志来限制。利用getgenbank函数就能将我们需要的人类线粒体基因组的核苷酸序列读入到matlab的工作空间。 mitochondria = getgenbank(NC_012920,SequenceOnly,true); % 如果你没有连接网络，您可以从MAT-file使用commandload线粒体，取消这个如果没有互联网连接 %matlab中的‘whos’的信息时给出序列的大小 whos mitochondria %nt前缀表示核苷酸，使用ntdensity 函数可以得到该核苷酸的组成 ntdensity(mitochondria) 其结果如下： % ntdensity 函数得到的图已经表明该核苷酸富含A-T，但是我们能使用basecount函数得到更具体的信息：A、T、C、G的数目 ans = A: 5113 C: 5192 G: 2180 T: 4086 basecount(seqrcomplement(mitochondria)) % basecount函数得到的是5--3单链的A、T、C、G的数目，而 seqrcomplement函数能得到其补链（3-5）。 ans = A: 4086 C: 2180 G: 5192 T: 5113 basecount(mitochondria,chart,pie); % 将A、T、C、G的数目以饼状图的形式表示出来。 dimercount(mitochondria,chart,bar) % 将核苷酸序列中的二聚体（dimer）的信息即数目显示出来。二聚体：相邻两个核苷酸的组合。 ans = AA: 1594 AC: 1495 AG: 801 AT: 1223 C