杨子恒PAML选择压力分析之codeml(dNdS).pptVIP

Example of codeml analysis～Beginning guide～ Codeml 是PAML软件包下的一个程序，在估算蛋白编码序列同义替换和非同义替换速率以及检测序列是否经受正选择方面受到广泛的使用。 在本节中，我将简单描述一个例子来分析编码序列氨基酸位点是否存在正选择作用。 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 简单流程 以下步骤仅仅是针对于想初步了解codeml使用的朋友设计. 且以linux下codeml的运行为例. 1. PAML软件包的安装 2. 必需文件的准备 3. 程序的运行与结果解释 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. PAML 的安装 软件下载：http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html#download 必威体育精装版PamlX 或Paml4.7. 以Paml4.7 为例，（PamlX具有图形界面，不详述） 下载后解压.至目标文件夹. Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 文件的准备 1.序列比对文件准备 要求： 采用的是基于密码子的比对（核酸序列先翻译，后比对）； 核酸序列要保证是3的倍数； 序列中不能出现纯数字、不能出现特殊符号（- 可以）； 不能有额外的空格、换行符等等； 可用bioedit 将编码序列翻译后再进行比对，然后保存成phylip格式，paml可以认识phylip格式。 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 文件的准备 2.树文件准备 要求： 任何可以正确描述序列文件中各序列文件的tree都可以. 如果没有可借鉴使用的树，可以用序列文件中序列用Mrbayes,Phyml，PAUP 等软件建树. 先建立无根树。 PhyML 产生的树格式可以被PAML识别，PAUP产的树可能由于ＮＥＸＵＳ格式复杂，可能不被识别，可用figtree软件转保存成NeWick格式． Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. codeml程序运行 将序列比对文件和树文件同时拷到/paml.4.7/bin 文件夹下. 或者确保： codeml 程序文件 codeml.ctl 配置文件，比对好的 XXX.phy、序列文件 XXX.tree 树文件 四个文件处于同一文件夹中. Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. codeml程序运行 控制文件codeml.ctl参数设置： Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. codeml程序运行 seqfile = 序列比对文件 treefile = 树文件 outfile = 输出文件 （任意命名，建议txt后缀便于打开） seqtype = 1 clock = 0 （使用无根树需设置为0，具体参见说明书） model =0 Nsites = 0 7 8 （0，为单一参数模型。 7,8 为相似模型，均允许局部替换率可以变化，二者有一个参数差异，其二者结果将用于LRST检验以保证结果的可靠性。 其余参数不是很重要，不作改变。具体参见英文说明书. Evaluation only. Created