发育树构建的步骤讲述.pptVIP

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2017-03-25 发布于湖北
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发育树构建的步骤讲述.ppt

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发育树构建的步骤讲述

发育树构建的步骤李荣 5. 以PCR为基础的rRNA及rDNA的分析方法用于微生物群落结构分析的基因组DNA的序列包括：核糖体操纵子基因序列(rDNA)、已知功能基因的序列、重复序列和随机基因组序列等。最常用的标记序列是核糖体操纵子基因(rDNA)。rRNA(rDNA)在细胞中相对稳定，同时含有保守序列及高可变序列，是微生物系统分类的一个重要指标。实验原理 16S rDNA是基因组的“biomarker” – 核糖体RNA是蛋白质合成必需的，16S rDNA广泛存在于所有原核生物的基因组中。 – 16S rDNA的序列中包括保守区和可变区。 – 序列变化比较缓慢，与物种的形成速度相适应，而且一般不发生水平转移。 – GeneBank和RDPⅡ（Ribosomal DatabaseProject ）数据库中已经登录了超过97,128个经过比对和注释的16S rDNA序列，可供进行比对。近年来又出现了一些其它的群落分析的方法，如变性/温度梯度凝胶电泳(DGGE/ TGGE)、单链构象多态(SSCP)、限制性片段长度多态(RFLP)、扩增rDNA限制性分析(ARDRA)和最近的末端限制性片段长度多态(T-RFLP)。所有这些方法都必须先提取和纯化群落DNA，再对16SrDNA进行PCR扩增。不同的方法可通过不同的方式对扩增产物进行分离和分析环境16S rDNA文库的构建与组成分析技术构建环境16S rDNA文库的方法用环境基因组总DNA进行16S rDNA PCR扩增：把环境中几乎所有微生物基因组上的16S rDNA扩增并收集到一起。 universal primers: 5’-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3’ (Esherichia coli bases 8 to 27) 和 5’-TACCTTGTTACGACTT-3’ (E.coli bases 1507 to 1492) “TA克隆”：把每一个16S rDNA分子放到文库中的每一个克隆里。阳性克隆筛选的过程： 1.Amp抗性，挑选出含有质粒的克隆 2.蓝白斑筛选，挑出带有插入片段的克隆 3.PCR筛选，挑出带有正确长度插入片段的克隆 RDP数据库下载同源序列首先将获得的序列放到RDP数据库里面有哪些信誉好的足球投注网站下载同源性最高的20个序列选择NCBI数据库发育树的构建点击点击点击点击本页保存点击点击点击点击选择此模式点击点击点击点击点击