高通量测序和DGGE土壤微生物群落的评价_夏围围概述.pdf

Ｒesearch Paper 研究报告 微生物学报Acta Microbiologica Sinica 54 (12):1489 － 1499 ;4 December 2014 ISSN 0001 － 6209 ;CN 11 － 1995 /Q http :/ /journals． im． ac． cn /actamicrocn 10. 13343 /j． cnki． wsxb． 2014. 12. 012 doi : 高通量测序和DGGE 分析土壤微生物群落的技术评价 1 ，2 1* ， 夏围围 贾仲君 1 ， ， 苏 南京 210008 中国科学院南京土壤研究所 土壤与农业可持续发展国家重点实验室 江 2 ， 100049 中国科学院大学 北京 :【 】 (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis ， 摘要 目的 比较新一代高通量测序与传统的变性梯度凝胶电泳 DGGE) ， 。【 】 指纹图谱技术 评价两种技术研究土壤微生物群落结构的优缺点 方法 针对新西兰典型草地和 ， 16S rＲNA ， DGGE 、 森林土壤 以 基因为标靶 通过高通量测序和 技术分析土壤微生物群落的组成 丰度和多 ， 。 【 】 ， 样性 比较两种方法在土壤微生物研究中的适用性 结果 在不同的微生物分类水平 高通量测序草地土 22 ，54 ，60 ，131 ，350 ; DGGE 6 ，9 ，8 ，10 ，10 ， DGGE 壤检测到 门 纲 目 科 属 而 仅检测到 门 纲 目 科 属 表明 显 。 ， DGGE 3. 8 、 著低估了土壤微生物的群落组成 森林土壤也得到了类似规律 高通量测序的检测灵敏度是 的 6. 7 、6. 4 、19. 2 39. 4 。 ， ， 及 倍 进一步分析土壤中主要微生物类群的相对丰度 发现分类水平越低 高通量测序 DGGE ， 。 ，DGGE 与 的结果差异越大 尤其在科和属的水平上差异最大 以高通量测序结果为标准 明显高估了 ， 2000 。 土壤中大多数微生物类群的相对丰度 最高可达 倍 两种方法都表明草地土壤的多样性指数高于森林 ， DGGE 。 【 】 土壤 但 多样性指数的绝对值远低于高通量测序结果 结论 高通量测序能够较为全面和准确的反 ， DGGE ， 映土壤微生物群落结构 而 仅能够反映有限的优势微生物类群 在很大程度上极可能低估土壤微生 物的物种组成并高估其丰度。