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MS建模小结 1 MS建模小结 本小结大部分内容取自各论坛，本人仅对相关内容进行了补充，本着取之小 目虫，还之小木虫的目的，将本小结整理上传。大家应感谢小木虫论坛的众多高 手为我们提供了诸多有益素材。MS方面资料不多，希望大家一起动手，互相帮 助。 —— cup_lee 下面资料部分取自本论坛leeshower开的Materials Studio 画分子模型大家 谈！（小专栏），向他表示感谢，希望更多像leeshower的高手出手指点 1、关于画苯环 很多初学者经常会把环己三烯和苯环相混淆。表面上看，凯库勒式是一样的。 实际上在MS中二者是截然不同的。画苯环最简单的方法是：Alt+六元环画笔。 第二种方法就是先画一个六元环，再按住Shift 键选中六个环单键，将其改为 partial double bond。 当我们考察各种种画法是否相同，可以考察电荷。刚画好的环己三烯和苯环 所有原子的电荷都为0（可以从properties 浏览器中看到）。这是因为画3D 模型 只是第一步，我们并没有用力场定义它们。很多朋友往往认为画好就行了，马上 就可以用模块算，这种想法是导致许多严重错误的根源。我向大家建议一个好的 习惯：画好模型后，用Discover--〉Setup--〉Energy 页中选中compass 力场（最 常用的定义最全力场），再在Typing页中按下calculate键，马上分子里的所有原 子都具有了电荷。 细心的朋友可能发现菜单Modify 下面有一个charge 项，里面也有一个 calculate按钮。这个按钮和discover--setup--typing中的calculate有着本质的不 同。请大家不要随便按。好奇的可以看看相关help。 cometring：第一次画苯环就忘了加氢了，所以计算了也没电荷，可是我不 明白，为什么画好了还要计算一下电荷？直接进行构型优化之类的不可以吗? leeshower：完全可以！这取决于你在Discover 中SETUP的参数设置。很多 动力学相关模块都仰仗Discover 中SETUP 的参数设置，然后自动就可以 TYPING！我这里只是告诉大家一个纠错的方法。很多时候我们犯的错误都来源 于一些很难想到的小错误。 小补贴： 使用fragment 进行build polymer 的时候一定要先将自己定义的frament 优化一下，再build polymer。否则一旦用没优化的fragment建了长链，能量有 可能高的离谱，那时你再做优化都没用。用这样的模型即使运算成功了，那本来 PDF 文件使用 pdfFactory Pro 试用版本创建 MS建模小结 2 就是个错误！这就是所谓的软错误，软错误计算机是不报警的！所以，“千里之 堤，毁于蚁穴！”切忌。 补充：关于画萘等多苯环芳烃 首先按住ALT+六元环画笔，左键单击画出多环芳烃，然后再把鼠标移到芳 环的键上，键变为蓝色后按住ALT键，单击即可。这样即可画出多环芳烃 2.我犯的第一个错误：加H 最开始我用MS2.0中的Amorphous Cell做柴油降凝，画C16的长链。画完 了没有加H，当时我写有机的简单式写惯了，总认为H 可以忽略，结果放到无 定形晶胞中的都是灰色的“碳虫”。结果居然还能够做动力学运算，甚至可以给出 最小均方位移！不管怎么解释，这样做都是不对的。谁见过光秃秃的碳还是单键 连着的？！不知现在能否同纳米形态解释当初的计算结果。大家可以不加H 试 试，但是绝对要养成画好后按下加H的习惯。 3、使用Builder Polymer画长链一定要在最后按一下“加H” 以前使用Builder Polymer 画长链。可是一做就报错。最后我才发现链的尾 巴上少了一个H原子。最后用Builder Polymer 画长链总是在尾巴上少了一个H， 这是Builder Polymer总是用fragment 做Unit 的。大家要记住这种教训哦！！ 4、高分子模型建模 使用fragment进行build polymer的时候一定要先将自己定义的frament优化 一下，再build polymer。否则一旦用没优化的fragment 建了长链，能量有可能高 的离谱，那时你再做优化都没用。用这样的模型即使运算成功了，那本来就是个 错误！这就是所谓的软错误,软错误计算机是不报警的！ 5、结构优化 除了minimizer之外，还有更好的单分子和周期晶胞的优化方法。大家可以 使用Forsite Tools优化，特别是Geometry Optimization方法，比Minimizer好多 了（注意力场的选择）。力场请见第七条。 6、一个小题目 如果通过大家的实践已经有了一定的3D建模基础，不妨可以找来超分子“环 糊精”的结构来画画看。这方面关于