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DOCK具体操作实例 DOCK流程图 DOCK具体操作步骤 （一）大分子的准备 在Sybyl6.8中将原始PDB中的配体、水、离子及结合因子等删除，然后把缺失的残基和原子补全，分别存成protein.pdb和protein.mol2文件，其中protein.pdb不加氢、不分配电荷；protein.mol2文件加全氢，并分配电荷，电荷一般可选择KOLLMAN　ALL ATOM或KOLLMAN UNITED ATOM电荷。另外还需做exclude.pdb，该PDB包含除组成活性口袋以外的残基 （二）小分子的准备 小分子加氢和Gasteiger Marsili电荷，并进行简单的能量优化，将得到的所有小分子存成一个MOL2文件database.mol2 （三）用autoMS产生表面点，得protein.ms和INSPH文件，其中protein.ms为口袋的表面点文件，INSPH为球集生成程序sphgen的输入文件。 autoMS protein.pdb surface_density probe_size （四） 用sphgen产生表征口袋形状的球集，得到protein.sph文件，该文件即为球集文件。用showsphere程序由protein.sph生成sphere.pdb，用Sybyl或Weblab等程序观看球集的分布。 （五）用showbox产生一表征网格范围的文件box.pdb （六）计算打分用的网格文件，首先建立grid4的输入文件grid.in，所需文件还有protein.mol2和box.pdb，然后用以下命名生成网格文件： grid4 –i grid.in （七）建立dock的输入文件dock.in，所需文件还有protein.sph、database.mol2和网格文件，然后进行dock： dock4 –i dock.in （八）Dock完毕后得到结果文件result.info和result.mol2，以及保留恢复文件result.rst。 （九）中途非正常退出，可以用如下命令继续： dock4 –i dock.in -r * * * * * * * * * * * * * * * * * * * *