good-paup命令详解.doc

Paup*文件的各个block的格式 Block 1 BEGIN TAXA; DIMENSIONS NTAX=number-of-taxa; 定义矩阵的大小，即物种（序列）的个数。 TAXLABELS taxon-name taxon-name ...; 各个物种的标志符（名称），用空格隔开，最后用分号结束。 END; Block 2 BEGIN CHARACTERS; DIMENSIONS 定义data matrix的size，一般在这个bolck之前都有taxa block定义了taxa信息。 如果要在此块定义新taxa则需要定义该参数。 NEWTAXA NTAX=number-of-taxa 新定义一些taxa。 NCHAR = number-of-characters; data matrix的特征值（character）总数。 FORMAT 定义数据的格式 DATATYPE = { STANDARD | DNA | RNA | NUCLEOTIDE |PROTEIN } ] 数据类型，必须最先出现 RESPECTCASE 区分大小写，只有DATATYPE = STANDARD的时候有用。 MISSING = symbol 缺失符号，默认“？”可以是字母，数字和其他一些字符， 以下字符和空格是不能接受的字符( ) [ ] { } / \ , ; : = * ` ^。 GAP = symbol gap字符，默认“－”，非法字符同missing。 SYMBOLS = symbol symbol... 定义特征值可以使用的字符，当数据类型为STANDARD时，默认的特征值是“01”，如果要加入新的字符，可以在这里定义。 EQUATE = symbol=entry [ symbol=entry... ] 特征值的宏定义（等价），区分大小写。 MATCHCHAR = symbol 匹配特征值的字符，如果定义了该值，则矩阵中只有第一条序列显示全部特征值，其他序列的相同特征值由该值替代，非法字符同missing。 LABELS = { NO | LEFT | RIGHT } 定义物种名称在数据块中的位置，默认是左边（left）。 TRANSPOSE 转置，如果定义了该值，行代表物种，列代表特征值（character）。 INTERLEAVE 允许特征值中间插入回车。 [NO]TOKENS 记号，暂时还不支持，后续版本会加入该支持。 ELIMINATE character-set; 读取的时候忽略的内容，但是并不影响character的数目， 如：eliminate 4-100，忽略4－100的特征值。 TAXLABELS taxon-name taxon-name...; 有新的taxa在这个block中加入时，用于定义taxa的label。 CHARSTATELABELS character-number [ character-name ][ /state-name [ state-name... ] ], ...; 定义特征值的名称和状态值，中间用/隔开。如eye_color/red blue green。 CHARLABELS character-name [character-name... ]; 特征值名称。 STATELABELS character-number [ state-name [ state-name... ] ],...; 特征值的状态值。 MATRIX data-matrix; 数据矩阵。 END; Block 3 BEGIN ASSUMPTIONS; [OPTIONS [ DEFTYPE = type-name ] [ POLYTCOUNT = { MINSTEPS | MAXSTEPS } ] [ GAPMODE = { MISSING | NEWSTATE | INDEL } ] ; ] [ USERTYPE type-name[ ( { STEPMATRIX | CSTREE } ) ] = usertype-description; ] [ TYPESET [*] typeset-name [ ( { STANDARD | VECTOR } ) ] =typeset-definition; ] [ WTSET [*] wtset-name [ ( { STANDARD | VECTOR } { TOKENS |NOTOKENS } ) ] = wtset-definition;] [ EXSET [*] exset-name [ ( { STANDARD | VECTOR } ) ] =