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? ?? ?? ? 第一部分：时间维度预处理? ?? ?? ? Chapter 1??Slice Timing? ?? ?? ? ? ?? ?? ? 目的：纠正slice（下译为扫描层）之间采集时间的差异。纠正后的新文件名为：a＋原文件名。? ?? ?? ? ? ?? ?? ? 原理概述：Sliceorder（扫描层序数） 用于指明扫描层被采集时的顺序，其总数为n，n即一个volume（volume为一个TR时间内的扫描量）里面所包含的扫描层的总数。每个Sliceorder（扫描层系数）同时指明了每个扫描层在图像文件中的存储位置。因此扫描层系数表明了扫描层被采集时的时间顺序。 我们可以用SPM 的 Display 功能来查看这个顺序。移动鼠标的十字准线到 Z 坐标为1的位置时，我们看到的就是一个volume里面第一个slice（扫描层）上的象元（voxel）。? ?? ?? ? ? ?? ?? ? 核磁仪采集数据的时间精度为一个TR，因此我们通常默认一个TR内采集到的数据（一个volume）采自完全相同的时间。但事实并非如此，一个TR内我们需要采集很多扫描层（例如20层）的数据以覆盖较大的脑区（通常是全脑）。这些扫描层是一个接一个按照上面所说的sliceorder（扫描层序数）的顺序来采集的，因此各个扫描层之间的采集时间是有差异的。Slice timing这一步所要做的就是通过一定的算法纠正这一时间差异。? ?? ?? ? ? ?? ?? ? 常规的纠正方法是在保持整段采集信号不变的条件下推前或者推后采集的起始时间。这可以通过简单的移动采集信号的正弦相位来做到。一种常用的数学转换方法：傅立叶转换可以把任何复杂信号转换为由不同频率和相位的简单正弦曲线的线性组合。这样，只要通过加入一个常数到每个频率的相位中，就可以达到移动数据起始和结束时间的目的。? ?? ?? ? ? ?? ?? ? 具体步骤：? ?? ?? ? ? ?? ?? ? 1.1 Data? ?? ?? ? 预备数个被试或者session的数据。以下所述参数设置将被应用到所有所选数据。? ?? ?? ? ? ?? ?? ? 1.1.1 Sessions? ?? ?? ? 选择需要纠正的所有图像文件。? ?? ?? ? ? ?? ?? ? 1.2 Number of Slices? ?? ?? ? 输入扫描层总数。? ?? ?? ? ? ?? ?? ? 1.3 TR? ?? ?? ? 输入 TR，以秒为单位。? ?? ?? ? ? ?? ?? ? 1.4 TA? ?? ?? ? TA必须由使用者手动输入，单位为秒. 一般可以用以下公式计算：TA＝TR-(TR/扫描层数). 这里你可以不必计算出结果，直接写上带入了数字的公式就可以了。比如，假如TR为3秒，扫描了20层，则可以直接写为：3－（3/20）。? ?? ?? ? ? ?? ?? ? 1.5 Slice order? ?? ?? ? 输入扫描顺序。如前述此顺序可通过SPM的Display功能查看。? ?? ?? ? ascending (扫描序数从底部到顶部排列，即从1顺序递增到n)? ?? ?? ? descending (扫描序数从顶部到底部排列，即从n顺序递减到1) ? ?? ?? ? interleaved（扫描序数间隔递增或递减，一般顺序为2,4,6,8,10..1,3,5,7,9..n）? ?? ?? ? ? ?? ?? ? 1.6 Reference Slice? ?? ?? ? 选择参考扫描层（一般可使用默认值），其它扫描层的起始时间都将以此层的起始时间为标准来移动进行校正。? ?? ?? 第二部分：空间纬维度预处理? ?? ?? ?? ?? ? ? ?? ?? ? ? ?? ?? ? Chapter 2??Realign? ?? ?? ? 被试内的图像数据重排。? ?? ?? ? ? ?? ?? ? 2.1 Realign: Estimate? ?? ?? ? （重排参数的估计）? ?? ?? ? 此步骤采用最小方差原理和六参数刚体空间变换来重排从同一个被试上采集到的图像数据[19]。使用者所选取的第一幅图像文件将被作为其它图像重排的参考标准。也就是说，你想要用哪一幅图像作为参考标准，就先选哪一幅图像的文件。参考图像文件不一定非用采集到的第一幅图像，使用最有“代表性”的一幅图像也许更好。? ?? ?? ? ? ?? ?? ? 本步骤的目的主要是去除fMRI和PET数据中的运动伪影。图像数据的头文件会被改写以反映数据相对空间位置的变化。此过程的具体参数会在结果窗口中以平移（transl