多态性和分子进化[精选].pptVIP

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2017-01-19 发布于江苏
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多态性和分子进化[精选]

分子进化常用方法华大基因：郑洪坤 zhenghk@ 大纲理论背景分子进化简介物种基因组数据比较基因组学发展常用系统进化树构建方法 NJ 邻接法 MP 最大简约法 ML 最大似然法选择压力Ka/Ks Ka,Ks的概念 Ka,Ks的作用和意义大纲理论背景分子进化简介物种基因组数据比较基因组学发展常用系统进化树构建方法 NJ 邻接法 MP 最大简约法 ML 最大似然法选择压力Ka/Ks Ka,Ks的概念 Ka,Ks的作用和意义大纲理论背景分子进化简介物种基因组数据比较基因组学发展常用系统进化树构建方法 NJ 邻接法 MP 最大简约法 ML 最大似然法选择压力Ka/Ks Ka,Ks的概念 Ka,Ks的作用和意义大纲理论背景分子进化简介物种基因组数据比较基因组学发展常用系统进化树构建方法 NJ 邻接法 MP 最大简约法 ML 最大似然法选择压力Ka/Ks Ka,Ks的概念 Ka,Ks的作用和意义 SNP的分类位点的分类检测序列的功能性（funcional or pseudo）筛选正在快速进化的基因（rapid evolution） Ks可以反映事件发生的时间（age）大纲理论背景分子进化简介物种基因组数据比较基因组学发展常用系统进化树构建方法 NJ 邻接法 MP 最大简约法 ML 最大似然法选择压力Ka/Ks Ka,Ks的概念 Ka,Ks的作用和意义 Polyphred Pipline 程序在edit_dir目录下运行: Sudophred STK6_5（构建虚拟峰图等）to generate fake chromat, PHD and POLY files from DNA sequences in FASTA format options: -q [quality] -r -abi -h -v phredPhrap -new_ace -view -forcelevel 1 phrap.out（序列组装） polyphred -ref STK6_5 -ace -indel [-q 25 -w 20] -output stk6_5.snp.out（检测snp） Polyphred snp输出格式 BEGIN_MESSAGE BEGIN_HEADER POLYPHRED Version 5.01 Build 2005.06.10 POLYPHRED_THUMBPRINT 1133887737 TIME 06/12/05 16:48:57 CURRENT_DIRECTORY /disk5/team08/conglj/Merck/analysis/STK/stk6_5/edit_dir/ END_HEADER BEGIN_COMMAND_LINE -dir /disk5/team08/conglj/Merck/analysis/STK/stk6_5/ -ace stk6_5.fasta.screen.ace.1 -score 70 -quality 25 -window 20 -tag genotype -ref STK6_5 END_COMMAND_LINE BEGIN_CONTIG Contig2 REFERENCE STK6_5.REF.scf BEGIN_POLY 465 0 TGGTTTTACA C T GAAGAGTTTG 99 570 26 TAGACTGTAT A G GTTATTTCCA 99 745 0 TCCATAGCAA C T GTACCTTTCA 89 END_POLY 。。。continue Polyphred snp输出格式 BEGIN_GENOTYPE 465 0 19 merck_stk6_5f_02_A05.ab1 C T 74 465 0 20 merck_stk6_5f_04_C12.ab1 C C 83 …… 570 26 198 merck_stk6_5r_07_G02.ab1 A G 99 570 26 126 merck_stk6_5f_07_G02.ab1 A G 99 …… 745 0 20 merck