CANOCO软件的用法..docVIP

4. CANOCO 4.5软件的使用 Using the Canoco forWindows 4.5 package 4.1 概述（Overview of the package） Window版CANOCO 4.5 软件由几个相关程序组合成。在这一节我们将简单介绍一下各个程序的功能。然后再接着介绍这些程序的具体使用方法。这一章不能代替CANOCO软件的自带说明书，但对于初学者使用CANOCO还是很有帮助的。 CANOCO for Window 4.5 这个程序是CANOCO的核心。通过使用它，你可以指定要分析的数据和排序模型，选择分析的类型。你也可以选定一部分的被解释的变量和环境因子进入分析，也可以任意改变样方或物种的权重。所以这些选择都被集中在CANOCO程序的对话框中。 CANOCO for Window带有比较全面的排序方法。核心部分是基于线性模型的PCA和RDA，基于单峰的模型的CA,DCA和CCA。在这些基本排序方法基础上，CANOCO也可以做CVA（典范变量分析）,PCoA（主坐标分析）。但NMDS并没有被包括，因为的确用得很少。 WCanoImp 这个程序的功能在1.7节已经讨论。但这个程序用法受到了window的剪贴板和电子表格文件的限制。比如在Excel2003以前的版本，列数仅有256列，这就意味着样方数或物种数不能两个同时超过256个，否则需要分割。当然行数宽松点，但不能超过65536行。如果你的数据超过这个限制，你可以将你的数据分割为几个部分，经过WCanoImp转化后，再用CanoMerge程序拼接起来。（Excel2007的行列已经没有限制，这个问题已经不复存在） CanoMerge 这个程序有如下三个用途， 1) 首要的任务是连接两个或多个包含相同样方但不同变量的数据文件。这个功能对于行数或列数两者均超过255个变量很有用，能够拼接起来。如果你的数据列数超过了255列，就可以分割为多个文件，注意，最好每个文件行数一样，而且行数最好是代表样方。分别将这些分割开的表格用1.7节介绍的方法，转化一个个单独文件，然后利用CanoMerge （如图4-1）将几个文件合成一个新的文件。“Add file” 是添加文件的按钮，把需要合成的文件加进来，然后按Merge按钮，给新的文件名字，就可以了。 2) 可以用来将您的数据文件输出带制表符分隔的ASCII（文本）文件。这个功能是非常有用的，特别是如果您的数据因为太大而不适合存在Excel表格里。而制表符格式文件可以被常有统计软件包直接应用。你直接将需要转为文本文件的数据文件用add files 按钮选到对话框，然后选中对话框最底下的选项“Write merged table in TAB-separated values format” （图4-1），按下“Merge”按钮，即可生成文本文件。 3) 最后一个功能是可以过滤掉一些低频率的物种。在“Exclude variables with less than X positive values”中的框中填上一个数字（图4-1），这个数字代表如果一个物种所存在的样方少于X个，将被剔除出去。这个功能是相当有用的，因为在Canoco程序里面，尽管你可以任意剔除任一变量，也可以用“downweighting of rare species”来减少稀少种的权重，但都是很盲目的，无量化的标准。而CanoMerge程序中这个选项可以让你有目标地剔除一些低频率的物种。 CanoDraw for Windows CanoDraw for Windows是用来做排图的程序。CanoDraw的作图基础数据主要来自Canoco分析的结果，包括.con文件和.sol文件。CanoDraw的输出文件是.cdw文件，这个文件独立于.con文件和.sol文件。CanoDraw不仅可以生成排序图，也可以生成很多种等值线图和回归模型图。详见第10章。 4.2 CANOCO典型分析流程图（Typical flow-chart of data analysis with Canoco for Windows） 图4-2 展示的是用CANOCO分析多元数据一般的流程。首先你必须打开你的电子表格的数据，然后用WCanoImp程序将数据转化为CACOCO能兼容的文件。在Canoco for　Windows的窗口中，你可以重新创建一个新的“new project”, 也可以打开原来已经存储过的分析文件（打开文件后，filesave as, 即可另存一个新的文件。另存的文件自然是保持了原来文件所有的背景选项设置，必要的时候，我们仅仅修改一些选择即可，这样更方便）。 在图4-2中关于排序模型的选择，以及模型对应的数据标准化, 物种数据和环境因子的取舍、