序列比对基础与BLAST入门-1.ppt

直接输入查询序列 的索引号 Query subrange : From_To_ 设置查询序列的比对范围 Organism 限定物种 Entrez Query 使用entrez的限定词限制 有哪些信誉好的足球投注网站范围 一、BLAST有哪些信誉好的足球投注网站的基本步骤 1. 选择一个BLAST有哪些信誉好的足球投注网站类型 2. 输入你要查询的序列 3. 选择要有哪些信誉好的足球投注网站的数据库 4. 选择可选参数（有哪些信誉好的足球投注网站参数、格式参数） Step2: 选择要有哪些信誉好的足球投注网站的数据库（protein blast） Choose database （默认为：nr） BLAST 蛋白质序列数据库（6 种） BLAST 蛋白质序列数据库（6 种） nr：非冗余GenBank编码序列+ RefSeq + PDB + SwissProt + PIR + PRF refseq：NCBI的蛋白质参考序列 swissprot：swissprot最近发布的蛋白质序列 pat：专利序列 pdb：pdb的蛋白质三维结构数据库 env_nr：非冗余的环境采样编码序列 Step2: 选择要有哪些信誉好的足球投注网站的数据库（nucleotide blast） 通常选择 Others（nr etc.） 默认 BLAST 核酸序列数据库（14 种） nr ：所有GenBank + EMBL + DDBJ + PDB refseq_mrna：NCBI的mRNA参考序列。 refseq_genomic： NCBI的基因组参考序列。 est ：GenBank + EMBL + DDBJ的EST序列。 est_others：人类和小鼠以外的EST序列。 gss：基因组调查序列。 BLAST 核酸序列数据库（14 种） Htgs：高通量基因组测序序列。 pat ：核酸专利序列。 Pdb：来自pdb的蛋白质三维结构序列数据 alu_repeats：Alu重复序列。 dbsts： GenBank+EMBL+DDBJ+PDB的STS序列。 chromosome：完整的基因组和染色体序列。 wgs：Whole Genome Shotgun，全基因组鸟枪法测序片段。 env_nt：环境采样序列。 一、BLAST有哪些信誉好的足球投注网站的基本步骤 1. 选择一个BLAST有哪些信誉好的足球投注网站类型 2. 输入你要查询的序列 3. 选择要有哪些信誉好的足球投注网站的数据库 选择一个BLAST程序（nucleotide /protein blast） 4. 选择可选参数（有哪些信誉好的足球投注网站参数、格式参数） 选择一个BLAST程序（nucleotide blast） 通常选择 blastn （默认为：megablast） 选择一个BLAST程序（protein blast） 默认为: blastp 一、BLAST 有哪些信誉好的足球投注网站的基本步骤 1. 选择一个BLAST有哪些信誉好的足球投注网站类型 2. 输入你要查询的序列 3. 选择要有哪些信誉好的足球投注网站的数据库 4. 选择可选参数 Step4: 选择可选的有哪些信誉好的足球投注网站参数 Algorithm parameters 算法参数 General Parameters 设置一般参数 Scoring Parameters 设置打分参数 Filters 设置过滤参数 1、 2、 3、 Step4: 选择可选的有哪些信誉好的足球投注网站参数 1、Max target sequences （默认为：100） Step4: 选择可选的有哪些信誉好的足球投注网站参数 2、Short queries （默认为：√） Step4: 选择可选的有哪些信誉好的足球投注网站参数 3、Expect 期望值 （默认为：10） 问题: 期望值（E 值）是什么意思？ E值：是BLAST的一个非常重要的统计学指标。 理解E值的前提： 1、BLAST比对结果中，得分高、非常相似的两条序列 有可能是随机造成的，无生物学意义（不同源），但被BLAST报告出来。 反之，得分低、不相似的两条序列也可能不是随机的，有生物学意义（同源），但被BLAST漏报。 2、这样的话，BLAST输出的比对结果就会出现两种疏漏，假阳性（上述前一种情况）和假阴性（上述后一种情况） 。且两种情况此消彼涨。即，当我们增加BLAST输出的有哪些信誉好的足球投注网站结果时，假阴性会减少（但假阳性增加）；反之亦然。 问题: 期望值（E 值）是什么意思？ 理解E 值的前提： 3、显然，BLAST在输出比对的结果时，需要在 减少假阳性（尽可能减少随机比对的输出)与减 少假阴性（尽可能不要漏报）之间寻找一个平 衡。 4、E值正是用来解决这一平衡的统计学指标。 问题: 期望值（E 值）是什么意思？ E值的定义：一次有哪些信誉好的足球投注网站中（特定的数据库、打分矩阵及相关参数），期望发生的比对得分等于或大于某一分数的随机比对数目。 E＝10，我们期望在BLAST有哪些信誉好的足球投注网站结果中，比对得分等于或大于某一分数，属于随机匹配的比对数目为10个。 E＝1 …… E＝0.01 …… E值越小，我们期望的，属于随机匹配的