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由于组成蛋白质的20种氨基酸各具特殊的侧链,侧链基团的理化性质和空间排布各不相同,当它们按照不同的序列关系组合时,就可形成多种多样的空间结构和不同生物学活性的蛋白质分子。
基酸的性质决定了他们的疏水或亲水,这样折叠时亲水的基团在外,疏水的在内 肽链以螺旋状盘卷前进,每圈螺旋由3.6个氨基酸构成,螺圈间距(螺距)为5.44埃;螺旋结构被规则排布的氢键所稳定,氢键排布的方式是:每个氨基酸残基的N—H与其氨基侧相间三个氨基酸残基的C=O形成氢键。这样构成的由一个氢键闭合的环,包含13个原子。因此,α-螺旋常被准确地表示为3.613螺旋。螺旋的盘绕方式一般有右手旋转和左手旋转,在蛋白质分子中实际存在的是右手螺旋。由四个连续的氨基酸残基构成, 主链骨架本身以大约180℃返回折迭。
第一个氨基酸残基的CO与第四个氨基酸的NH 形成氢键,从而稳定转折的构象
DNA与单链RNA分开,你能够设计出哪几种方法?分别叙述之。
DNA,RNA不同:
1.两性解离:DNA无,只有酸解离(○P),碱基被屏蔽(在分子内部形成了H键)。
RNA有,有PI。
2.粘度大:DNARNA,粘度由分子长度/直径决定,DNA为线状分子,RNA为线团。
3.碱的作用:DNA耐碱
RNA易被碱水解。
4.显色反应:鉴别DNA和RNA
浓HCl 浓HCl
RNA → 绿色化合物 DNA → 蓝紫色化合物
苔黑酚 二苯胺
啡啶溴红(荧光染料)和溴嘧啶都可对DNA染色,原理是卡在分子中,DNA的离心
和电泳显色可用它们。
5.溶解性:都溶于水而不溶于乙醇,因此,常用乙醇来沉淀溶液中的DNA和RNA。DNA溶于苯酚而RNA不溶,故可用苯酚来沉淀RNA。
6.紫外吸收:核酸的λm=260nm,碱基展开程度越大,紫外吸收就越厉害。
当A=1时,DNA:50ug/ml,RNA和单链DNA:40ug/ml,寡核苷酸:20ug/ml。
用A260/A280还可来表示核酸的纯度:1.8,DNA很纯;2RNA很纯。
7.沉降速度:对于拓扑异构体(核苷酸数目相同的核酸),其沉降速度为:
RNA 超螺旋DNA 解链环状DNA 松弛环状DNA 线形DNA
也就是在离心管中最上层是线形DNA,最下面是RNA。
8.电泳:核苷酸、核酸均可以进行电泳,泳动速度主要由分子大小来决定,因此,电泳是测定核酸分子量的好方法。
9.DNA分子量测定最直接的方法:用适当浓度的EB(溴嘧啶)染色DNA,可以将其他形式的DNA变成线形DNA,用电镜测出其长度,按B-DNA模型算出bp数,根据核苷酸的平均分子量就可计算出DNA的分子量
1、用碱分解:能分解的是RNA,不能分解的是DNA
2、用专一性酶分解:如RNase1只分解RNA,DNase1只分解DNA
3、用酸水解,然后进行单核苷酸层析:含U的是RNA,含T的是DNA
4、颜色反应:RNA与地衣酚生成鲜绿色化合物,DNA与二苯胺生成蓝色化合物
1。DNA溶于苯酚而RNA不溶,故可用苯酚来沉淀是最简单的方法。
2。利用吖啶橙的变色特性可鉴别DNA和RNA。吖啶橙作为一种荧光染料已被用于染色固定,非固定细胞核酸,或作溶酶体的一种标记。观察死亡细胞荧光变色性变化以及区别分裂细胞和静止细胞群体。虽然测定DNA和RNA含量时较难获得好的重复性结果,但该方法已被许多实验室广泛采用。
用化学方法水解核酸能够得到什么产物取决于核酸分子中磷酸二酯键和N-糖苷键对酸、碱的相对稳定性。
RNA中,核糖与碱基之间的N-糖苷键对碱稳定,RNA主链中的磷酸二酯键一般也对碱稳定,因此RNA通常应该不被水解。但是,RNA分子由于核糖上有2′-羟基,存在邻接基团参与效应,在碱催化下,RNA分子中的磷酰基发生转移,生成2′,3′-环状单核苷酸中间产物,环核苷酸再进一步水解成2′-核苷酸和3′-核苷酸。DNA则一般不被碱水解。
碱水解RNA时,A、C、G、U、I、T的单核甘酸和几种甲基化碱基是稳定的,m1A转变为m6A,m3C转变为m3U,而m7G、m1I、tC6A、m6tC8A会被碱破坏。修饰组分2′-O-甲基核糖核苷酸由于不能形成2′,3′-环核苷酸,因此该处的磷酸二酸键不被碱水解,产物中出现NmNp和NmNmNp等寡核苷酸。大肠杆菌16S rRNA中的m62Am62Ap也有很强的抗碱性,用1mol∕L NaOH,37水解9小时后仍有38%残存,而通常RNA用0.3mol∕L NaOH,37作用18小时即可完全水
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