TCGA癌症数据库介绍专题-1.pptVIP

TCGA数据库介绍专题 上海尔云-云生信团队 2015.9.20 / 1. 前言 2. 数据产生历程 5. 目前已有的癌症种类 3. barcode 4. Data types and data levels 6. 数据下载解读 目录 前言 01 / TCGA- the Cancer genome ATLAS cancer Genome Transcriptome Clinic Epigenome Proteome 癌症种类丰富，样本量大 34 kinds of cancer 325 samples on average / 数据产生历程 02 / TCGA数据的产生历程： 1. 组织样本和临床数据来源网站(TSS)收集的数据发送到Biospecimen核心资源(BCRs)。 2. BCRs提交临床数据和元数据到数据协调中心(DCC)和测序中心(GSCs),获取组织变异数据,然后提交给DCC。 3. GSCs提交跟踪文件,序列比对后文件到癌症基因组学中心(CGHub)。 4. 提交给DCC和CGHub的数据可供研究团队和基因组数据分析中心(GDACs)使用。 5. 分析pipeline以及由GDACs产生的数据结果通过DCC保存到研究社区（community）中。 /abouttcga/overview barcode解读 03 / 详细请见：/display/TCGA/TCGA+barcode DaTA TYPES AND LEVELS 04 / DATA TYPES Data Level Level Type Description 1 Raw Low-level data for single sample 单个样本的低级数据 Not normalized 未标准化 2 Processed Normalized single sample data 标准化的单个样本 Interpreted for presence or absence of specific molecular abnormalities 解释异常的个体 3 Segmented/ Interpreted Aggregate of processed data from single sample 单个样本整合在了一起 Grouped by probed loci to form larger contiguous regions (in some cases) 根据probe的位置分组 4 Summary/Regions of Interest (ROI) Quantified association across classes of samples 量化关联类的样本 Associations based on two or more 两个或多个的关联 Molecular abnormalities 分子水平的异常 Sample characteristics 样本特性 Clinical variables 临床变异 DATA LEVLES 注意： 低水平的测序数据存储在CGHub /, 申请下载时需要DUNS number. The Cancer Genomics Hub (CGHub) is a secure repository for storing, cataloging, and accessing cancer genome sequences, alignments, and mutation information from the Cancer Genome Atlas (TCGA) consortium and related projects. 目前已有的癌症种类 05 癌症种类丰富，样本量大 34 kinds of cancer 325 samples on average 详细见： TCGA publication guideline, /publications/publicationguidelines 数据下载及解读 06 / 最简单的方法： /tcga/tcgaHome2.jsp 第1封邮件通知下载申请已经提交 第2封给出下载链接 Step4 Step 4 文件内容 File_manifest.txt，对所下载文件的说明 临床数据解读 CDE：Common Data Elements /docs/dictionary/ THANKS /