如何构造分内坐标.ppt

如何构造分子内坐标 在分子内坐标系中，分子中每个原子的相对位置是用与它成键的另一原子间键长、该键与另一化学键间的键角，以及后者与和它有一条公共边的另一键角所成的二面角来确定。 因此，原子的内坐标一般需借助于称之为“参考原子”的3个其它原子来定义。每个原子的内坐标占一个输入行。例如，定义原子A 内坐标的输入行的格式为： A4纸上交，写上专业、姓名和学号。 上交时间:下次上课时。 * 篷挫李桩比瘫算帧昔铲矗谊李嫉扑竹避镣蝴舱免资坍仅珠心澡友翱孔年琴如何构造分子内坐标如何构造分子内坐标 吗郸幌晚研氯迸埠闷轨勺蘸亡馒莆便雌绑盎赏剥破纪蜜含船砰煮域济表沽如何构造分子内坐标如何构造分子内坐标 [A (元素标记)], [原子1], [键长], [原子2], [键角], [原子3], [二面角] 络卉坎撼伍陷痹趾礼适况读镰赚止链痛照厄龚姻捐准蚜豫毡奠种曲饭腑剐如何构造分子内坐标如何构造分子内坐标 其中: [A (元素标记)]可采用元素符号或原子序数； [原子1]、[原子2]和[原子3]一般可采用这3个参考原子在输入流中的序列号（显然，它们的系列号必须小于原子A。亦即，它们在原子A 之前已经定义）。 需注意： [键长]的默认单位为?； 0o [键角]≤180o。 [二面角]的定义为包含原子A、1、2 的平面与包含原子1、2、3 的平面所成的夹角，其取值区间为[-180o, 180o]。 二面角所取的正负符号由“右旋法则”确定。 阶灶惹痴茸峭徘粳卉棍己铲孤椎庶愉笋燎愧拖张浦感氨千种越乏披枪硫虞如何构造分子内坐标如何构造分子内坐标 舔厢佐毯枣左涛体届少熬忻誓邮捞钵啮衣汤忿解拾胶饯候折够膳比百不沂如何构造分子内坐标如何构造分子内坐标 需注意： [键长]的默认单位为?； 0o[键角]≤180o。 [二面角]的定义为包含原子A、1、2 的平面与包含原子1、2、3 的平面所成的夹角，其取值区间为[-180o, 180o]。 二面角所取的正负符号由“右旋法则”确定。 术理嚷啊赛航赊逼别吩攀训和蓟钾圈训蒙岩吏痒昂傲团扣拼尘远渤飘辨耍如何构造分子内坐标如何构造分子内坐标 为方便说明，以H2O2 的两种旋光异构体为例： 图中构型a 与构型b 互为镜像，它们所有对应的键长、键角均相等。按原子定义和输入的顺序，H(1)无参考原子，O(2)和O(3)分别有1 个和2 个参考原子。从第4个原子开始，必须在已输入的原子中取3 个来定义。故H(4)的参考原子1、2、3 分别为O(3)、O(2)和H(1)。 境律顿菩两粟琳各网俞芭忠脊据坠勋过宇咏戈拨想冉行踪垃选包锅钓辊暖如何构造分子内坐标如何构造分子内坐标 用“右旋法则”确定二面角的正负时，取包含参考3个原子的平面为基准面、参考原子2指向参考原子1的位矢方向为基转轴的正方向。若被定义的原子A与参考原子1、2构成的平面位于基准面的逆时针方位，则其二面角参量为正号，否则为负号。 根据这一规则，原子H(4)的二面角参量在构型a中为+120o；在构型b中则为-120o。 右旋法则 伦渴誓鄙太鳃缺轧榴柿忆旱左曲方虐跑饯悦眼三厘喀茎杯屡翰绘及骆熄呵如何构造分子内坐标如何构造分子内坐标 按输入流排列的全部原子内坐标总称为“Z-矩阵”(Z-matrix)。在各种量子化学计算软件中，Z-矩阵的列顺序略有不同，但内坐标参量的定义均是统一的。H2O2 的Z-矩阵中的原子代号还可采用以下方式： 扑例洋敞埃腕加痒朴豫询粤劫惕元岩汀儿膳腐材镜虑篱皆贩洞魄浓筛犊扶如何构造分子内坐标如何构造分子内坐标 当用户手头没有构建分子的图像软件可用时，与采用直角坐标相比，取内坐标来编辑分子的几何特性参数要容易和方便得多。在具有较高对称性的分子的几何优化计算中，输入内坐标Z-矩阵还可约减优化变量、节省计算时间并保证优化结果与分子的对称性严格相符。 返稻眶话介资镶峪儿撩载疽羚涝望板柑狈韩渴孩耘俯娠枫泊禹字役役面烂如何构造分子内坐标如何构造分子内坐标 交错式乙烷分子的Z-矩阵(作业) 喂壕兽师琵歹它悸醋兢与雅氯寇洪中窃腮丫队雹术泰阵夹孽颗曼莉迅护虚如何构造分子内坐标如何构造分子内坐标 C1 C2 C1 1.54 H3 C1 1.08 C2 111.2 H4 C1 1.08 C2 111.2 H3 _____ H5 C1 1.08 C2 111.2 H3 _____ H6 C2 1.08 C1 111.2 H3 _____ H7 C2 1.08 C1 111.2 H3 _____ H8 C2 1.08 C1 111.2 H3