6拟南芥GH3基因家族启动子序列分析.pdfVIP

第27卷第6期 中国科学院研究生院学报 V01．27No．6 oftheGraduateSchooloftheChinese of November2010 2010年11月 Journal Sciences Academy 文章编号：1002—1175(2010)06—0847-06 简报 拟南芥GH3基因家族启动子序列分析木 孙 涛1，柴团耀”，张玉秀2 (1中国科学院研究生院生命科学学院，北京100049；2中国矿业大学(北京)化学与环境工程学院，北京100083) (2009年12月14日收稿；2010年4月22日收修改稿) Sun T Y of GH3 ofthe T，ChaiY，Zhang promotersequencesArabidopsis X．Upstream genefamily[J]．Journal GraduateSchooloftheChinese of AcademySciences。2010，27(6)：847·852． 摘 要 GH3基因家族是植物生长素早期响应基因家族之一．拟南芥10个GH3基因启动子 box 序列分析表明：GH3基因的转录起始位点一般在起始密码子上游65—145bp之内，TATA 区域普遍存在组织和器官特异性表达元件、激素响应元件以及环境响应元件，表明GH3基因 的表达受到多因素调控；同时，基因芯片数据显示AuxREs对生长素的响应非常重要，但也可 能存在其他的生长素响应元件． 关键词 GH3基因，启动子，顺式作用元件 中图分类号Q943 植物GH3(GretchenHagen3)基因家族属于生长素早期响应基因家族…，在拟南芥和水稻基因组中 第2亚类中的部分基因编码的蛋白参与光信号途径，还有一些蛋白具有催化植物激素(如IAA、SA和 JA)与氨基酸联结的功能”引，参与了植物体内的激素动态平衡和逆境响应过程．蛋白功能分析表明， GH3蛋白参与植物生长发育的调控过程，在逆境条件下，GH3蛋白的表达一方面可通过调控体内的激 素动态平衡以调节植物的生长，另一方面通过激活SA、JA和乙烯信号途径从而提高植物对逆境的抗 性峥1．从拟南芥基因组序列中提取了10条GH3基因的启动子序列，利用生物信息学分析软件对其保守 序列和顺式元件进行分析，探讨顺式元件分布与GH3基因表达调控的相关性，为GH3基因表达调控的 研究提供了有力的依据． 1材料和方法 1．1 启动子序列的确定 从拟南芥信息资源网站(the information arabidopsis Centerfor (National Biotechnology t通讯联系人，E-mail：tychai@gucas．∽．cn 万方数据 848 中国科学院研究生院学报 第27卷 分析． 1．2 基因转录起始位点确定及核心启动子序列分析 start 转录起始位点(transcriptionsite，TSS)的确定对启动子分析非常重要，但拟南芥启动子序列数 promoter centerfor information protein jsp)数据库寻找基因的全长eDNA序列，确定其转录起始位点．对转录起始位点未确定的基因，利用 NetworkPromoter BDGP的Neural 具