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3）基因区域的预测 在完成序列的拼接后，我们得到的是很长的DNA序列，甚至可能是整个基因组的序列。这些序列中包含着许多未知的基因，下一步就是将基因区域从这些长序列中找出来。 所谓基因区域的预测，一般是指预测DNA顺序中编码蛋白质的部分，即外显子部分。不过目前基因区域的预测已从单纯外显子预测发展到整个基因结构的预测。这些预测综合各种外显子预测的算法和人们对基因结构信号(如TATA box和加尾信号)的认识，预测出可能的完整基因。 （4）基因或蛋白质功能预测 用实验手段证实一个预测的新基因后，下一步要做的就是寻找这个基因的功能。----即功能基因组学 蛋白质功能预测分析，主要是分析目的蛋白质是否与具有功能信息的已知蛋白质相似。策略有二： 同源序列分析 功能区相关的保守序列特点分析。 （5）分子进化的研究 通过上述种种方法我们可以预测出一个新基因可能具有的功能。然而预测新基因只是生物信息学研究的一个方面，这门学科的根本目标是探究隐藏在生物数据后面的生物学知识。 对于基因组研究来说，一个重要的研究方向就是分子序列的进化。通过比较不同生物基因组中各种结构成分的异同，可以大大加深我们对生物进化的认识。这方面的研究已逐步形成一个称为比较基因组学（Comparative Genomics）的新学科。 Human genome shares 223 genes with bacteria-genes that do not exist in the worm, fly, or yeast. A reticulated tree, or net, which might more appropriately represent lifes history. 6 生物信息学最重要的任务，是从大量数据中提取新知识 生物信息学最重要的任务，是从海量数据中提取新知识。这首先是从DNA序列中识别编码蛋白质的基因，以及调控基因表达的各种信号。 其次，从基因组编码序列翻译出的蛋白质序列的数目急剧增加，根本不可能用实验方法一一确定它们的结构和功能。 从已经积累的数据和知识出发，预测蛋白质的结构和功能，成为常规的研究任务。 7 DNA芯片和微阵列的发展 DNA芯片和微阵列的发展，把一定组织或生物体内万千基因时空表达的研究提上日程．研究基因表达过程中的聚群关系，从中提取调控网络和代谢途径的知识，进而从整体上模拟细胞内的全部互相辅合的生化反应，在亚细胞层次理解生命活动。 基因芯片检测系统 Bioinfomatics七个方面研究内容 建立和管理各种生物数据库 生物信息数据库使用 生物信息学中的数学模式和方法研究 数据库接口和检索工具的研制 HGP的实施，对信息采集和处理提出的要求 生物信息学最重要的任务，是从大量数据中提取新知识 DNA芯片和微阵列的发展 此外，专业人材的培养，也是一个重要内容。 四、展望 作为计算机科学和数学应用于分子生物学而形成的交叉学科，生物信息学已经成为基因组研究中必不可少的有力研究手段。为了能够更好地服务于基因组研究，生物信息学在将来的发展中需要做以下几方面的努力： （1）理论研究 任何学科的发展都离不开基础理论的研究，生物信息学也不例外。它对许多学科都提出了巨大的挑战。 这些学科包括分子进化遗传学、群体遗传学、统计生物学、基因组学以及计算机科学和应用数学的相关学科。如果基础理论研究得不到应有的发展，生物信息学的发展将受到严重的阻碍。 （2）生物数据的质量监控 监控已有的生物数据究竟具有多大的可信度，对于物理图谱的构建工作将有十分重大的意义。 （3）加强生物学家和计算机科学家以及数学家之间的沟通 长期以来，这三类科学家都是埋头于各自的研究领域，而不关心其他学科的发展和要求。这种状况在我国尤为突出。生物信息学的发展要求三者之间加强沟通。其意义不仅在于推动生物信息学自身的发展，而且将形成促进整个生物学发展的强大动力。 生物信息学作为基因组研究的有力武器，被广泛地用来加快新基因的寻找过程，以达到将有用新基因抢先注册专利的目的。在这场世界范围内的竞争中，中国科学家以及科研资金投向的决策部门如何结合我国科研水平的现状、优势领域等客观情况，将有限的投资投入以求获得最大可能的科学研究以及商业回报，是一个无法回避的新课题。 我国科学家展望 我国科学家认为，在克隆新基因的思路方面，我国不应该照搬国外克隆新基因所用的方法，而应该走生物信息学和定位克隆相结合的道路。 具体地说就是一方面进行各种遗传疾病家系的采集，从家系分析入手，寻找致病基因在染色体上的位置，然后对这个区域进行测序，再利用生物信息学的手段预测候选基因和它的功能并用实验加以证实； 另一方面直接从现有公共数据库中的EST出发，用生物信息学的方法寻找可能有研究价值的新基因，并用实验方法来研究