草莓ESTSSR标记开发及在品种遗传多样性分析中的应用.pdf

中国农业科学 2011,44(17):3603-3612 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2011.17.013 草莓EST-SSR标记开发及在品种遗传多样性分析中的应用 1 2 3 2 1 3 董清华 ，王西成 ，赵密珍 ，宋长年 ，葛安静 ，王 静 1 2 （北京农学院植物科学技术学院，北京 102206 ； 南京农业大学园艺学院/江苏省果树品种改良与种苗繁育工程中心，南京 210095 ； 3 江苏省农业科学院园艺研究所，南京 210014 ） 摘要：【目的】探讨草莓 EST 序列中 SSR 位点的分布规律，开发草莓 EST-SSR 引物，并分析其在草莓品种遗 传多样性研究中的应用。【方法】从 NCBI 公共数据库下载草莓表达序列标签（expressed sequence tag，EST） 55 750 条，利用 MISA 软件查找 SSR 位点，并利用 Primer3.0 Plus 软件设计 60 对引物，通过非变性聚丙烯酰胺 凝胶（PAGE）研究这些SSR 引物的PCR扩增特点，并对部分扩增产物进行克隆和测序，以验证其真实性。【结果】 55 750 条草莓 EST 序列含有 SSR 位点的序列 1 334 条，SSR 位点 1 490 个。其中，二核苷酸、三核苷酸和六核苷 酸重复是最主要的 SSR 类型，分别占 36.17%、26.51%和 19.87%。60 对引物中有 42 对引物能在 20 个草莓品种中 扩增出理想的PCR产物，其中36对引物扩增条带具有多态性。利用11对验证的EST-SSR引物分析了20个草莓品 种的亲缘关系。【结论】草莓EST-SSR标记的开发对于草莓品种鉴定与遗传多样性分析具有重要应用价值。 关键词：草莓；EST；SSR；遗传多样性 Development of EST-Derived SSR Markers and Their Application in Strawberry Genetic Diversity Analysis 1 2 3 2 1 3 DONG Qing-hua , WANG Xi-cheng , ZHAO Mi-zhen , SONG Chang-nian , GE An-jing , WANG Jing 1 2 （Plant Science and Technology College, Beijing University of Agriculture, Beijing 102206; College of Horticulture, Nanjing Agricultural University/Jiangsu Fruit Crop Genetic Improvement and Seedling Propagation Engineering Center, Nanjing 210095; 4Institute of Horticulture, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences, Nanjing 210014 ） Abstract: 【Objective 】 The obj