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2015-09-06 发布于湖北
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多核CPU和GPU加速分子动力学模拟.pdf

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第3l卷第3期计算机应用 V01．31No．3 of Mar．20ll 2011年3月 Journal ComputerApplications 1．00843 文章编号：1001—9081(2011)03—0843—05 doi：10．3724／SP．J．1087．201 多核CPU和GPU加速分子动力学模拟林江宏1，林锦贤1’2，吕暾2’3 (1．福州大学数学与计算机科学学院，福州350108；2．福州大学福建省超级计算中心，福州350108； 3．福州大学生物科学与工程学院，福州350108) (jxlin@fzu．edu．e11) 多线程和GPU多线程执行部分，高效地利用了计算机的处理能力。性能测试结果表明，相对于优化后的CPU串行计算，多核CPU．GPU异构并行计算模型有强大的性能优势，特别是将占整个程序执行时间90％的作用力的计算移植到 GPU上执行，获得了最高可达12倍的计算加速比。关键词：分子动力学；图形处理器；多核中央处理器；AMBER力场；计算统一设备架构；OpenMP 中图分类号：TP399；0641文献标志码：A CPUGPU Acceleratedmolecular simulationmulti．coreand dynamics using LIN Tun2’3 Jin．xianl一，Lt0 Jiang．hon91，UN ofMathematicsand Science，FuzhouUniversity,Fuzhou350108，China； (1．College Computer Fujian Center,Fuzhou 350108，China； 2．FujianSupercomputing University,FuzhouFujian 3．Collegeof8“删sc搪，磷andTechnology,FuzhouUniversity,Fuzhou托曲n350108，China) Abstract：Onthe architectureofmulti．coreCentral Unit(CPU)and Unit heterogeneous Processing GraphicProcessing the interfacesof UnifiedDeviceArchitecture (GPU)，theOpenMulti·Processing(OpenMP)andprogramming Compute to molecular simulationbasedonAMBERforcefield．Inorderto (CUDA)wereused a