miR-133a生物信息学分析和其靶基因的预测.pdfVIP

·32· 第一部分 统计遗铸学、数量遗传学和生物信息学 miR-1 33a生物信息学分析及其靶基因的预测 路伏增1，傅春泉2，胡锦平1，褚晓红1，徐如海1，戴丽荷1，王金军3 (1．浙江省农业科学院畜牧兽医研究所，浙江杭州310021； 2．金华职业技术学院，浙江金华321017；3．金华市宏燕生态养殖场，浙江金华321031) 引言 在miRNA家族中，miR-133被认为具有心肌组织特异性，可维持分化和增殖的平衡、诱导祖细胞向心肌细胞的 分化。有关动物miRNAs及其对其靶基因的调控已经成为动物遗传育种研究的重要课题。本研究的目的是进行 miR．一133a的系统聚类树构建、靶基因预测和分析，以期为以后寻找到特异的遗传标记应用到畜禽的遗传改良上提供 理论指导。 材料与方法 合。通过DAVID软件对靶基因进行基因本体论注释(Go)及信号通路分析。 结果 据库对这49个基因进行GO分析和KEGG通路分析，在生物过程分类中。最有显著性富集的为参与细胞凋亡调控 的8个基因；在分子功能分类中，最有显著性富集的为具有磷脂结合功能的4个基因；在细胞成分分类中，最用显著 性富集的为构成突触小泡的3个基因；在KEGG通路分析中，最为显著性富集的为参与Wnt信号通路的6个基因。 讨论与结论 dme-mir-133a seq8707 tni—mir一133a 我们通过MPI软件构建了miR-133a物种间的系 seq。29806 1639_eea-mir-133a seq‘1 统聚类树，从宏观方面对该miRNA有了一个初步的认 *q19250_mmu—mir—133a hsa—mir-l33a seq‘i5037 识。预测靶基因选用了starBase和miKTarBase两个数据 seq’24541seci32555一ipipr=_y-一m”iri-‘一113333a8 一 库的并集，其中前者是整合了targetScan、picTar、PITA 图1 7个物种问miR．-133a前体序列的系统聚类树 和miranda 3个靶基因预测数据库的交集，后者是整合 路分析发掘了与基因富集相关程度较高的GO注释和KEGG通路，研究者可有选择地在基因层面对结果所呈 现的显著富集的GO分类、通路及相关基因加以关注。以上分析将为mig．一133a及其靶基因的实验鉴定及其生物 学功能研究提供数据支持。 关键词：IlliR一133a；靶基因；生物信息学 目“生猪养殖高效油脂乳化技术研究与应用”(2010A22135)资助。