生物信息技术在宏基因组研究中的应用.pdfVIP

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2017-08-19 发布于湖北
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生物信息技术在宏基因组研究中的应用.pdf

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生物信息技术在宏基因组学的应用报告人：耿爽（组长）成员：罗一菁崔韶潘鑫池时间：2011年12月23 日课程：实用生物信息技术纯培养超过99%不可纯培养宏基因组（Metagenome）其定义为生境中全部微小生物遗传物质的总和，包含了可培养和未可培养微生物的基因。构建宏基因组文库流程小于10KB，质粒plasmid, 质粒fosmid 40KB左右，粘粒cosmid, 人工染色体 350KB BAC 提取环境样品酶切为片段连接入载体总DNA 转入宿主大肠杆菌宏基因组文库筛选功能筛选序列筛选阳性克隆的后续分析获取克隆序列 ORF finder BLAST MEGA PDB viewer 传统流程费时费力费钱，因为阳性克隆比例太低。以潮间带沉积物为样品构建文库，阳性4/386400 。提高阳性克隆比例 1，稳定同位素示踪技术 2，BrdU标记的DNA免疫捕捉法 3，抑制性消减杂交技术 4，荧光活化细胞分拣稳定同位素探针技术 1，同位孵育把稳定同位素标记的化合物结合到样品中微生物的DNA上。 2，等密度超速离心技术分离标记的重DNA。 3，构建宏基因组文库。 13CH4 森林土壤嗜甲烷细菌构建含2300个克隆重DNA 的文库，即获得一个阳性克隆传统测序： 1美元1对碱基。构建宏基因组文库高通量测序： 1000美元一个基因组。高通量测序并分析信息时代的摩尔定律：生物时代的类摩尔定律：每18个月翻一翻。每9-14个月翻一翻。生物信息技术本地BLAST对宏基因组文库信息的分析构建宏基因组文库高通量测序获取序列