化学信息学 教学课件 作者 李梦龙文志宁熊庆 编 Lec9_application.pdfVIP

—应 用 化 学 结 构 的 表 达 OH 结构表示法 结构表示法 化学学科依赖于实验观测，因而也依赖于实 验所得的数据。 与那些只用到文字和数据转换的学科相比， 化学还面临一个特殊的挑战 —— 分子表征。 结构表示法 结构表示法 用名字表征化合物。 如：苯丙氨酸 用符号表示化合物。 如：C9 H11NO2 ，C6H5CH2CH(NH2)COOH 2D 图形结构表示化合物。 如： COOH NH2 3D 图形结构表征。 结构表示法 结构表示法 COOH H N 2 苯丙氨酸 线性符号表示法 线性符号表示法 COOH NH2 系统命名： 苯丙氨酸 IUPAC 命名： 2 – 氨基 – 3 – 苯基丙酸 WLN ： VQYZ1R ROSDAL： 1O-2=3O, 2-4-5N, 4-6-7=-12-7 SMILES ： NC (Cc1ccccc1)C (O) = O SLN ： C[1]H:CH:CH:CH:CH:C(:@1)CH2 CH(NH2)C(=O)OH SMILES SMILES 1986 年，David Weininger 在 Duluth MN 的美国 环境研究实验室对化学数据处理时提出了 SMILES 系统。 SMILES Simplified Molecular Input Line Entry System 简化的分子线性输入系统 SMILES 基本规则 SMILES 基本规则 原子由各自的原子符号表示。 氢原子自动的添加直至自由价饱和而省略。 相邻的原子表示彼此连接。 双键和三键分别用 “=” 和 “#” 表示。 分支用括弧表示。 环用分配的数字来表示两个“连接”的环原子 。 SMILES 基本规则 SMILES 基本规则 化学结构 SMILES 编码 CH4 C H2C = CH2 C=C NaOH [Na+] • [OH-] OH CH3 C