VEGFR3基因启动子中的功能区段预测.pdfVIP

药 　物 　生 　物 　技 　术 Phar maceutical Biot echnolo gy 　2008 ,15 (4) :239～243 239 VEGFR3 基因启动子中的功能区段预测 焦吉祥1 , 张长青2 , 王 　进1 ( 1. 南京大学生命科学学院医药生物技术国家重点实验室 ,江苏 南京 2 10093 ; 2 . 金陵科技学院园艺系 ,江苏 南京 2 10038) 摘 　要 　V E GFR3 基因表达调控元件的研究 。通过进化分析软件 Footp rint er 2 . 0 获得了 V E GFR3 (va scu lar endot helial growt h factor recep tor 3) 基因启动子在多个物种中进化保守的短序列片段 ,结合基因芯片数据 , 筛选出共表达基因启动子中的高频短序列 。结果得到 2 个在进化上保守 、同时在共表达基因启动子中也高频出 现的元件TAA TCCCA GC和GA GG C T GA GG ,它们在基因上游形成TAA TCCCA GCA C T T T GGGA GGC T GA G G的保守序列片段 ,其中包含转录因子 L UN 、L y F1 以及 Ik2 的结合位点 ,推测为 V E GFR3 基因表达调控的 区域 。 关键词 　淋巴管 ; V E GFR3 ; 基因表达调控 ; 生物信息学 中图分类号 :Q78 　　　文献标识码 :A 　　　文章编号 :100589 15 (2008) 　　V E GFR3 蛋白是淋巴管中表达的一个特异性 1 　材料和方法 [ 1 ] 受体蛋白 ,对淋巴管的发育起着极为重要的调控 作用 。已有研究表明 ,敲除 V E GFR3 基因后小鼠 1. 1 　V E GF R3 基因启动子的界定 只能在胚胎发育的 9 . 5 d 内存活[2 ] 。在 Chy 基因 V EGFR3 各直系同源基因的序列来 自 Ensem ( ) 突变的小鼠体 内,V E GFR3 基因的突变会引起皮 ble http :/ / www . ensembl . org 数据库 ,取转录起始 肤淋巴水肿[3 ] ;在肿瘤细胞中 ,V E GFR3 基因具有 位点上游 5 K 至下游 1K 的基因组序列 ,用 ClustalX 抑制肿瘤在淋巴管的生成及转移的作用[4～7 ] 。然 软件分别对大鼠小鼠人 ,大鼠小鼠黑清斑河豚 , 而 ,我们 目前却对 V E GFR3 基因的表达调控还了 大鼠小鼠鸡 ,大鼠小鼠牛 ,大鼠小鼠黑猩猩 ,大 解甚少 。研究表明 ,小鼠在胚胎发育的 8 . 5 d 内, 鼠小鼠斑马鱼 6 组序列进行多序列比对 ,按照每 ( V E GFR3 基因在主动脉和尿囊中表达 ,但随着发 100 bp 的步长计算序列的保守碱基率 保守碱基数/