ARLEQUIN 使用说明.docVIP

ARLEQUIN 使用说明 引 言 Arlequin是一款优秀的人类遗传学数据分析软件，其名字来源于法语“Arlecchino”，是一个十七世纪意大利著名喜剧人物的名字。这个喜剧人物具有多个面目，可以根据需要，多个角色之间轻而易举的相互转变。Arlequin软件包如此取名，大概是为了说明此款软件能够满足遗传分析方面的需求。Arlequin软件包提供了许多方法和统计学检验来从遗传学和人口统计学数据（如大量的分子序列数据和传统的等位基因频率等）中挖掘信息。Arlequin 软件有着友好的Java图形操作界面，便于使用者操作。 Arlequin软件包由Stefan Schneider、David Roessil和Laurent Excoffier三人完成。Arlequin软件包下载和升级的网址为：http://anthro.unige.ch/arlequin。下载后的Arlequin软件包基本由Arlequin20_zip.exe和jre117-win32.exe组成，在运行Arlequin程序之前，需要先安装jre117-win32.exe。Arlequin20_zip.exe是个自解压的程序，点击此程序将文件释放到所选择的目录，就可以运行了。在上述网址还提供了一个升级包arlpatch2001.zip，修正了原软件里边的一些bug，并提高了某些计算程序的精确性；下载后解压，直接运行即可。 Arlquin 功能概述： Molecular diversity （分子多态性） Mismatch distribution （错配分布） Haplotype frequency estimation （单倍型频率估计） Linkage disequilibrium （连锁不平衡）：检测不同位点上等位基因的非随机关联 Hardy-Weinberg equilibrium （哈温—伯格平衡） Tajima`s neutrality test （Tajima中性检验） Fu`s neutrality test （Fu中性检验） Ewens-watterson neutrality test （ Ewens-watterson中性检验） 以上三个中性检验都是基于无限位点模型，适用于DNA sequence 和 RFLP单倍型。 Chakraborty`s amalgamation test (Chakraborty`s 融合检验，检测人群的均一性或同质性，和中性选择等) Minimu Spanning Network （MSN，最小扩张树或称之为最小支撑树，基于分子差异） AMOVA （分子差异度分析，用以评测人群的遗传结构） Pairwise genetic distances (遗传距离的估计) Exact test of population differentiation (检测随机交配群体单倍型的非随机分布) Assignment test of genotype (通过估计等位基因频率将单个基因型分配到特定的人群中) Arlequin软件包功能强大，以上列出了本软件包一些基本的功能，下文将对这些功能进行详细的阐释和实例讲解。 Arlequin 输入数据的格式 Arlequin 软件包大致能接受以下五种数据格式：DNA sequences、RFLP data、Microsatellite data、Standard data、Allele frequency data。这些数据可以使单倍型（haplotypic）数据格式，也可以是基因型（genotypic）数据格式。对于RFLP data类型数据，“1”表示存在限制性位点，“0”表示不存在限制性位点，“-”表示限制性位点缺失。对于DNA sequences类型数据，“-”代表一个缺失的核苷酸，“？”代表一个未知核苷酸，R表示A/G（purine），Y表示C/T（pyrimidine），M表示A/C，W表示A/T，S表示C/G，K表示G/T，B表示C/G/T，D表示A/G/T，H表示A/C/T，V表示A/C/G，N表示A/C/G/T。 Arlequin 软件包输入文件的扩展名应该为*.arp，配置文件的扩展名为*.ars。在Arlequin 软件包输入文件中，#后可以输入任何字符，直至此行结尾。 1、Alequin输入文件的格式- profile 在一个Alequin输入文件的最开始是 Profile 部分 [profile] Title=“” 当前分析数据的名称或标题（双引号内可以为任何字符串）如：Title=“ancient mtdna data of QiDan” NbSamples= (指所分析数据中人群的个数，可以是1-1000之间的任何整数) 如：NbSample