NoSQL技术及其在生物医学大数据处理中应用.pdfVIP

王玉峰 jinkam@ 一．背景 二．生物医学大数据变革 三．走向云端的大数据应用 四．总结  生物医学关联谱 Medical 个性化 Informatics 医疗 药物研发 临床诊断 系统 病理研究 生物 生物学 蛋白质 医学 代谢组学 组学 基因组学 BioInformatics  数据来源 ◦ 高通量测序产生的序列数据 ◦ 药物研究实验产生的过程数据 ◦ 临床医疗产生的电子病历医学影像数据 ◦ 个人移动健康应用汇聚形成的健康数据  开启1000美元全基因组测序 ◦ 2012年LifeTechnologies公司发布台式基因测序仪IonProton  测序数据产出自2005年起接近5个月翻一翻* *Stein LD. The case for cloud computing in genome informatics.GenomeBiol2010;11:207.  靶向药物研发成为未来趋势 ◦ 临床前研究  寻找药物研究的线索  功能基因组学、结构基因组学、蛋白质组学、早期临床试验数 据、…  药物筛选  效果早期模拟评估 ◦ 临床试验  管理各期临床试验数据  临床试验数据  副作用记录  病人档案  众多数据源 ◦ EMR、HIS、PACS、LIMS… ◦ 覆盖全部诊疗环节(PoC)  最大挑战来自医学影像 ◦ CT、核磁、病理影像…  举例 ◦ 匹兹堡大学医学中心(UPMC)  2PB/1PB  移动医疗（mHealth） ◦ 远程健康监护  Web 2.0 社交化健康应用 ◦ PatientLikeM ◦ 好医生在线 个性诊疗 临床决策 个人健康数据 资源优化 临床医疗数据 生物医学 Big Data 海量测序数据 药物研发数据 知识  大数据管理 ◦ versioning 、query、sharing  大数据整合 ◦ integration、annotation、mashup  大数据分析 ◦ modeling、statistics、mining  下一代测序分析 ◦ Crossbow、DNANexus公司  临床医疗数据管理 ◦ Explorys公司、Practice Fusion公司、安德森肿瘤中心  药物研发管理 ◦ Fujitsu tsClinical ◦ IT外包：AMAG 、Eli Lilly  健康管理