R语言-R作图 笔记.docVIP

《R语言与Bioconductor生物信息学应用》一本针对高通量测序的好书。 一些常见的高级作图函数和低级作图函数，以及参数的运用。 attach(), detach(), with()这3个函数主要用于将矩阵中的列明直接提取出来，而不用总是加[]或者$来表示。 为了不让par（）函数改变基本参数，可以先opar - par(no.readonly=TRUE),完了par（opar） 一、plot（x, y…..）， 1、add=FALSE 如果是TRUE，叠加图形到前一个图上（如果有的话） 2、axes=TRUE 如果是FALSE，不绘制轴与边框 3、type=p指定图形的类型，p: 点，l: 线，b: 点连线，o:同上，但是线在点上，h: 垂直线，s: 阶梯式，垂直线顶端显示数据，S: 同上，但是在垂直线底端显示数据 4、xlim=, ylim= 指定轴的上下限， 例如xlim=c(1, 10)或者xlim=range(x) 5、xlab=, ylab= 坐标轴的标签，必须是字符型值 6、main= 主标题，必须是字符型值 7、sub= 副标题（用小字体） 8、参数xaxt=n和?yaxt=n将分别禁用X轴或Y轴（会留下框架线，只是去除了刻度) 9、选项pch=用于指定绘制点时使用的符号，可以用col=和bg=来添加颜色，其中bg只对21-25有效。另外可以用任意符号pch=“#” 10、font=用于指定绘图使用的字体样式。1=常规，2=粗体，3=斜体，4=粗斜体，5=符号字体（以Adobe符号编码表示）绘制文本时使用的字体族。标准的取值为serif（衬线）、sans（无衬线）和mono（等宽）mai=以数值向量表示的边界大小，顺序为“下、左、上、右”，单位为英寸；mar 以数值向量表示的边界大小，顺序为“下、左、上、右”，单位为英分。 11、……………………………. 低级函数及其参数 二、title（main=””, sub=””, xlab=””, ylab=””） 三、axis(side,at=,labels=……..) 1、side 一个整数，表示在图形的哪边绘制坐标轴（1=下，2=左，3=上，4=右） 2、at 一个数值型向量，表示需要绘制刻度线的位置 3、labels 一个字符型向量，表示置于刻度线旁边的文字标签（如果为NULL，则将直接使用at中的值） 4、pos 坐标轴线绘制位置的坐标（即与另一条坐标轴相交位置的值） 5、lty 线条类型 6、col 线条和刻度线颜色 7、las 标签是否平行于（=0）或垂直于（=2）坐标轴 8、tck 刻度线的长度，以相对于绘图区域大小的分数表示（负值表示在图形外侧，正值表示在图形内侧，0表示禁用刻度，1表示绘制网格线）；默认值为?0.01 9、次要刻度线：首先需要library(Hmisc)，然后minor.tick(nx=n,ny=n,tick.ratio=n) 四、abline(h=y，v=x，……)用来绘制参考线，y，x可以是数字向量。 五、legend(location, title, legend,.....)用来绘制图例 1、location 有许多方式可以指定图例的位置。你可以直接给定图例左上角的x、y坐标，也可以执行locator(1)，然后通过鼠标单击给出图例的位置，还可以使用关键字bottom、bottomleft、left、topleft、top、topright、right、bottomright或center放置图例。如果你使用了以上某个关键字，那么可以同时使用参数inset=指定图例向图形内侧移动的大小（以绘图区域大小的分数表示） 2、title 图例标题的字符串（可选） 3、legend 图例标签组成的字符型向量。如果图例标示的是颜色不同的线条，需要指定col=加上颜色值组成的向量。如果图例标示的是符号不同的点，则需指定pch=加上符号的代码组成的向量。 4、horiz=TRUE将会水平放置图例，而不是垂直放置。 5、bty=“o”or“n”表示盒子的样式。 6、………………………………… 六、文本标注数text()和mtext()将文本添加到图形上。text()可向绘图区域内部添加文本，而mtext()则向图形的四个边界之一添加文本。使用格式分别为：text(location, ”text to place”, pos,……),mtext(“text to place”, side, line=n,……) 1、pos 文本相对于位置参数的方位。1=下，2=左，3=上，4=右。如果指定了pos，就可以同时指定参数offset= 作为偏移量，以相对于单个字符宽度的比例表示 2、side 指定用来放置文本的边。1=下，2=左，3=上，4=