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IBM高性能集群系统简介 孙守红 分子系统生物学中心 2008年10月 IBM 高性能集群系统硬件配置 • IBM-HPCluster – 管理节点: ibm3850 – IO 节点: 两台ibm3850 – 刀片中心：三台IBM-HS21 – 存储：DS3400 磁盘柜 • 硬件防火墙：LENOVO网御 • UPS：美国顶尖40KW IBM 高性能集群系统 • 操作系统：RedHat4 As ×86-64 • 集群管理系统：XCAT • 集群文件系统：Lustre • 集群作业管理系统：PBSpro • 集群并行软件： • MPI • PVM 需用户启动的进程 • MPI – “mpd” – “mpdboot –n 10 –f .mpdhosts” – “mpdallexit” • PVM – “pvm pvm.hosts” – “pvm - conf -halt” • 所有并行都将通过PBS进行作业调度。 已实现并行的生物软件 • 生物软件 – Hmmer: 基于PVM的并行软件； – Meme ：基于MPI的并行软件； – Mpiblast :基于MPI的并行软件； – InterproScan ：利用PBSpro并行的软件。 系统逻辑图 如何使用IBM集群系统 • 申请建立集群用户 – 集群用户的前提要求 • 熟悉UNIX/LINUX基础命令 • 理解PERL/SHELL基础编程 • 了解相应生物软件的命令行使用 – 首先填写《高性能计算系统使用申请表》; – 阅读《高性能集群计算系统管理条例》 – 了解集群使用及基本编程； • 将数据送交分析，无须建立帐户 – 提供原始数据和分析需求; – 将收取所用机时费 高性能计算系统使用申请表 申请人（中英文） 电子邮件及电话 课题组 课题组负责人签字 缴费课题帐号 备注 课题简述及计划使用并 行软件 附注：用户申请费为100/个/年；机时费为0.2元/机时。 高性能集群计算系统管理条例 一．IBM 高性能集群计算系统简介 IBM 高性能集群系统是研究所纳入分子系统生物学中心管理的大型服务器。主要用于生 物信息学分析。IBM 高性能集群计算系统是刀片式高性能集群计算系统，配备 40 个主频 2.33GHz ，两路四核的计算节点，双 IO 节点和管理节点。操作系统是 Redhat4AS4-LINUX ， 配备 Lustre 并行文件管理系统及 PBSpro 作业调度管理系统。 二．申请使用 IBM 集群服务器将通过两种方式向所内外开放。一是通过申请建立集群用户自己分析数 据；二是我们将代为分析数据。对于申请使用 IBM 高性能机群计算系统的人员都必须首先 填写《高性能计算系统使用申请表》。每个帐户标准资源配备是 10G 硬盘空间，40CPUs 和 500 小时免费机时。如需更大的硬盘空间，请另行申请。由于集群架构的特殊性及其管理使 用的复杂性，集群用户必需在上机前仔细阅读分子系统生物学中心提供的集群系统简介。而 且在经过上机培训后，了解集群的相应配置信息及系统使用说明后上机使用。 三．用户相关的文件系统使用说明 1、/lustre/home 用户家目录及用户作业计算结果的输出与保存。用户帐号建立时，由系统自动创建 每个用户的子目录。 2、/lustre/database