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2017-09-27 发布于山西
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第三章多序列比对哈尔滨医科大学生物信息学院李霞教授 0 1 2 3 4 5 6 7 0 1 2 3 4 5 6 7 + + → + + ↓ + ↓ → A T - G T T A T - A T C G T - A - C w A T C G T A C V A T G T T A T 图3-1 使用动态规划法寻找两个序列的最长公共子序列 0 1 2 3 4 5 6 7 0 1 2 3 4 5 6 7 w A T C G T A C V A T G T T A T 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 1 2 2 3 3 3 3 1 2 2 3 4 4 4 1 2 2 3 4 4 4 1 2 2 3 4 5 5 1 2 2 3 4 5 5 + ← ← ← ← + ← ↑ + ← ← + ← ← ↑ ↑ ↑ + ← ← ← ↑ + ↑ ↑ + ← ← ↑ + ↑ ↑ + ↑ ↑ + ↑ ↑ ↑ ↑ + ← ↑ + ↑ ↑ + ↑ ↑ 图3-2 动态规划表的填写 (i,j,k) (i,j-1,k) (i,j,k-1) (i-1,j,k-1) (i-1,j-1,k-1) (i-1,j-1,k) (i,j-1,k-1) 图3-3 计算三个序列间的一个比对单元（i,j,k）依赖于其7个前导项 (i-1,j,k) 图3-4 计算u=ATGTTAT，v=ATCGTAC，w=ATGC三序列比对的三维得分矩阵δ ＡＴＧＴＴＡＴＡＴＣＧＴＡＣＡＴＧＣ序列列 A 列 B 列 C 1 ……T…………T…………T 2 ……T…………T…………T 3 ……T…………T…………T 4 ……T…………T…………T 5 ……T…………T…………C 6 ……T…………C…………C T T T T T T T T T T C T T T T T C C T-T 匹配字符对 6(6-1)/2=15 T-C 匹配字符对 0 该列记分 6*15=90 -3*0=0 90-0=90 T-T 失配字符对 10 T-C 匹配字符对 5 该列记分 6*10=60 -3*5=-15 60-15=45 T-T 失配字符对 6 T-C 匹配字符对 9 该列记分 6*6=36 -3*9=-27 36-27=9 T T T T T T T T T T C T T T T T C C T-T 匹配字符对 6(6-1)/2=15 T-C 匹配字符对 0 该列记分 6*15=90 -1*0=0 90-0=90 T-T 失配字符对 10 T-C 匹配字符对 5 该列记分 6*10=60 -1*5=-5 60-5=55 T-T 失配字符对 6 T-C 匹配字符对 9 该列